🔍 常见的误区是认为没有氢键连接的分子对接结果就不好,其实这种看法并不妥当。即便没有氢键连接,只要结合能足够低,也可以作为小分子与靶蛋白质有结合潜力的证据。 个人建议是,如果最低结合能足够低(<-7 kcal/mol),有无氢键都可以进行可视化;如果最低结合能不够稳定(>-5 kcal/mol)且与下一个有氢键的相差值...
结合能是指分子之间结合的能量。它是分子之间相互作用的度量。结合能越小,分子之间的相互作用就越强。 氢键是一种由氢原子和其他元素(如氧、氮)之间的共价键产生的非常强的相互作用。它是由一个氢原子与另一个元素原子之间的共价键组成。 结合能和氢键是分子间相互作用的两种重要类型,主要用于生物化学和药物化学等...
氢键的结合能是2—8千卡(Kcal)。氢键是一种比分子间作用力(范德华力)稍强,比共价键和离子键弱很多的相互作用。其稳定性弱于共价键和离子键。 常见氢键的平均键能与键长数据为:
1、氢键结合是一种静电相互作用。在分子间形成氢键时，氢原子所带的部分正电荷与供体原子中的部分负电荷相吸，这种静电相互作用使分子间的势能降低，形成结合能。2、氢键结合会产生一些不同于共价键的额外的热力学稳定性。由于氢键结合需要足够的空间，因此形成氢键的分子通常会呈现出一些特殊的三维构象，...
1、氢键结合是一种静电相互作用。在分子间形成氢键时,氢原子所带的部分正电荷与供体原子中的部分负电荷相吸,这种静电相互作用使分子间的势能降低,形成结合能。2、氢键结合会产生一些不同于共价键的额外的热力学稳定性。由于氢键结合需要足够的空间,因此形成氢键的分子通常会呈现出一些特殊的三维构象,在这种构象中,分...
纯粹氢键作用的复合物也可以用下文的做法通过Multiwfn做AIM拓扑分析得到 透彻认识氢键本质、简单可靠地估计...
在Gromacs中计算氢键结合能,可以使用了Gromacs中的分析工具g_hbond。 以下是基本步骤: 1.通过Gromacs执行模拟,生成.trr或者.xtc文件。确保拓扑文件(.top)中包含氢键描述信息。 2.运行以下命令,创建氢键指纹文件(.ndx): ``` gmx make_ndx -f -o .ndx ``` 这里,``是模拟输出的.trr或者.xtc文件,``是输出...
一个与电负性高的原子X共价结合的氢原子(X—H)带有部分正电荷,能再与另一个电负性高的原子(如Y)结合,形成一个聚集体X—H…Y的化学结合作用。X、Y原子的电负性越大、半径越小,则形成的氢键越强。例如,F—H…F是最强的氢键。氢键表面上有饱和性和方向性:一个H原子只能与两个其他原子结合,X—H…Y要尽可能...
氢键是由氢原子与相邻原子的强相互作用力所产生的一种特殊的化学键。在一定的条件下，N元素与-OH或-NH结合，可形成氢键。具体来说，N元素表面通常带有一个孤对电子，可以与氢键供体分子中带有的H原子形成氢键。而-OH（或-NH）分子中带有的H原子可以作为氢键供体，提供一个H原子以形成氢键，N元素表面...
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