次级代谢产物是一类具有多种生物活性成分的化合物,通常不参与细胞生存所必需的生理功能,但具有广泛的药用和生物活性价值。浸没在产生次级代谢产物的基因簇中的酶和调节因子的调节确定了次级代谢产物的组成和产生状况,为生物体提供了自卫和生殖等方面的优势。 次级代谢产物基因簇的自然界分布广泛,不同生物体内可能编码多个...
次级代谢产物是一类细胞内产生的化合物,不同于细胞的生存所必需的主要代谢产物,而是具有特定的生理功能或生物活性。这些次级代谢产物包括抗生素、抗肿瘤物质、植物次生代谢产物等,对人类和生物体的生理活动具有重要的影响。 次级代谢产物基因簇通常由多个连续排列的基因组成,这些基因按特定的顺序编码了合成次级代谢产物所需...
可以看到比对的次级代谢物基因簇的种类,起始、终止位点,以及比对最相近的簇和对应的BGC-ID。 点击具体的簇cluster,可以看到: 左侧分为三个部分。 第一部分:是该基因的模块显示,不同颜色代表不同的模块,棕红色代表核心的合成基因,浅红的额外的合成基因,蓝色的和运输相关的基因,绿色的是调节基因,灰色的是其他基因,...
次级代谢产物一般由多基因控制,其编码基因通常在基因组中成簇存在,编码具有多种功能的复合酶,这个基因簇就是次级代谢产物合成基因簇。 其中PKS和NRPS是目前研究的最多的两类次级代谢产物,即聚酮合成酶和非核糖体肽合成酶。 PKS和NRPS复合酶的基因主要是由连续的模块(module)构成的,每个模块具有它各自的功能,含有对应...
(non-ribosomal peptide synthetase-like fragment)的基因簇为主.另外,在2株双歧杆菌基因组中预测发现了2个潜在的新次级代谢产物生物合成基因簇.毒力因子及毒素预测分析发现,绝大多数双歧杆菌基因组所编码的分泌型毒素种类较少,主要以假定的溶血素(hemolysin B),核酸内切酶/核酸外切酶/磷酸酶家族(endonuclease/...
1、数据可只导入基因组组装结果,那么该网站会进行基因预测,但预测的结果与自己预测结果可能会有差异; 2、数据需在一个月内进行下载,过期之后数据会自动被删除。 好了,次级代谢产物基因簇预测就是这样简单 你学会了吗? 我们每周都将为各位推送微生物福利 ...
antiSMASH数据库可以对细菌真菌以及植物基因组的次级代谢产物合成基因簇进行分析预测 1.在线分析 选择NCBI基因组:GCF_000240185.1进行测试,默认分析类型 结果,也会通过邮件发送 结果详情,现在网页版本是v7.1.0 结果介绍可以参考:Antismash-BigScape次级代谢基因簇鉴定 ...
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成基因簇还具有 以下几个特点:①生物合成基 因一般形成几个不同的转录单? 项技术的高效性和巨大潜力。微生物次级代谢产物完整生物合成基因簇的克隆? 位;②通常含 有一 个 以上 的耐药性 基因 ,且 耐药性 基 因和结 构基 因表达 之 间有? 和功能分析使得生物合成途径及生物合成调控机理的阐明成为可能,从而...
生物合成基因簇是指一组在染色体上连续排列的基因,它们共同负责某一特定次级代谢产物的生物合成。这些基因包括结构基因、调节基因、耐药性基因和转运蛋白等,它们之间具有复杂的调控关系,共同构成了微生物次级代谢产物生物合成的分子基础。 在药物创新方面,微生物次级代谢产物生物合成基因簇的研究具有重要的意义。通过对生物...