DRIPc-Seq(DNA:RNA immunoprecipitation followed by cDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及c...
DRIPc-Seq(DNA:RNAimmunoprecipitation followed bycDNA conversion coupled to high throughput sequencing)是一种基于抗体富集,RNA反转录链建库的“DNA:RNA杂合链免疫共沉淀及高通量测序技术”,利用针对R-Loop结构中的RNA链反转录进行建库测序,能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中的RNA链;针对长链mRNA、LncRNA及circR...
相比于传统的全基因组测序,R-loop高通量脱靶检测省时省力,经济实惠,可用于规模化的评估和筛选。 1 R-loop脱靶检测实验原理 利用CBE作用于单链DNA的特性,通过nSaCas9在编辑靶点外的基因组区段诱导R-loop,从而人为制造单链DNA(ssDNA)区域,可放大CBE...
相对于其它检测R-loop的方法,MapR具有以下几个特点:1)MapR的整个实验过程是在细胞内,并且利用MNase对核酸序列进行切割,能够检测到一些相对弱的或是瞬时形成的R-loop;2)MapR不依赖S9.6抗体,不需要构建稳定表达RNaseH的细胞系,整个实验过程只需要一天时间...
R-Loop在基因组中广泛存在，主要集中于转录起始和终止区域，参与基因表达调控、DNA复制及组蛋白修饰等生物学过程。为了深入研究R-Loop，云序生物推出了高灵敏度的R-Loop测序服务，包括DRIPc-Seq和ssDRIP-Seq技术。DRIPc-Seq技术基于抗体免疫沉淀和RNA反转录链构建，能够在全基因组范围内检测R-Loop结构中...
R-loop脱靶检测 临床研究 碱基编辑器脱靶评估利器——高通量R-loop脱靶检测 碱基编辑技术 (base editing)是基于CRISPR/Cas系统发展起来的新型靶基因编辑技术,目前依据碱基编辑酶的不同可分为胞嘧啶碱基编辑器 (cytosine base editor, CBE) 和腺嘌呤碱基编辑器 (adenine base editor, ABE)。…...
R-loop结构是一种三链RNA-DNA杂合片段,由于新产生的mRNA与DNA模板链形成了稳定的杂合链,非模板链呈环状游离状态。检测发现,非模板链富含碱基G。下列叙述正确
摘要: R-loop是由一条单链DNA和另一条RNA:DNA杂合链组成的三链染色质结构,在众多生物体中发挥着重要的生物学功能.生物体内有众多调控因子通过调节R-loop的稳态来影响各水平的基因组调控事件,如转录,复制,DNA损伤及修复等.近年来,随着R-loop的检测技术日益成熟,越来越多的R-loop生物学新功能正在被发现.本文归纳...
在R-Loop的映射上存在较大的差异,因此迫切的需要提供一种独立的策略.在这份研究中,我们构建了一个带有RNase H1杂交结合域(HBD)串联重复序列的DNA:RNA杂交体识别蛋白GST-His_6-2XHBD,发现它不仅能在体外与DNA:RNA杂交体特异性的结合,并且利用DRIPc-seq策略捕获到的信号与目前S9.6单克隆抗体检测到的R-Loop信号...
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