根据你的要求,以下是如何根据序列ID在FASTA文件中批量抽提序列的步骤,并附带了Python代码示例。 步骤一:读取FASTA文件和序列ID列表 首先,我们需要读取FASTA文件和包含序列ID的列表。FASTA文件通常包含多个序列,每个序列由标题行和序列行组成。 python def read_fasta(file_path): sequences = {} with open(file_path...
1.1 爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列 在生物学研究中,我们常常需要提取某些关注的基因或者蛋白的序列,用于进一步的实验研究和分析。通过提取特定的核酸或蛋白序列,我们可以使用这些序列可以用于序列比对、进化分析和基因家族等等分析。当原始的fasta序列文件较大或者要提取的序列较多时,手动查找效率很低...
argv[1:], 'hf:i:o:', ['help', 'fasta=', 'idlist=', 'outfile=']) for opt,val in opts: if opt == '-f' or opt == '--fasta': fasta = val elif opt == '-i' or opt == '--idlist': idlist = val elif opt == '-o' or opt == '--outfile': outfile = val elif ...
perl id2fasta input.fasta ID.txt output.fasta #!/bin/perl #unless(@ARGV==3){ # die "usage: $0 <lst> \n"; #} $file=shift; $lst=shift; $out=shift; open FILE,$file; open LST,$lst; open OUT,">".$out; while(<FILE>){ chomp; my $line=$_; if($line=~/^>/){ my @l...
根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情,有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条,我自己写写了一个,太慢了;后来发现Biopython官方文档里面“Cookbook – Cool things to do with it”第一件事就是做这个事情的,后来我又学习了“冷月”小伙伴在知乎的帖子,稍微改写了一下,其实就是ctrl+c和ctrl+...
提取fasta文件genome_test.fa中第14号染色体的序列,其内容如下: 用python以及命令行参数实现 新建.py文件“”GetSeqFromChrID.py”, python脚本如下: 命令行参数输入如下:红色字体是输入部分 结果如下:
用perl根据ID号在fasta文件中提取序列程序 #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 \n" unless(@ARGV == 2); my %hash; open IN,$ARGV[0]; while(){ chomp; $_=~s/[> \t]+//g; $hash{$_} = 1; } close IN; open IN,$ARGV[1]; $/=">"; ...
脚本设计时，采用click模块简化命令行参数的添加。借助click，可便捷地定义命令、参数和选项，使得脚本更为人性化。此步骤简化了用户交互，提升了使用体验。另一种方法则是将FASTA文件中的序列导入字典中进行查找。这种方式在大数据处理时，能显著提升效率。通过字典查找，避免了传统遍历文件的低效操作，使得...
001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa rm.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa## 测试fasta>chr1 tttcccggg>chr2 tttgggjjj cccjjjjjj>chr3 ccc>chr4 aaaaatt [root@pc1 test1]# cat rm.list## 删除列表chr2 chr4 [root@pc1 test1]# cat test.py## 删除程序#!/usr/bin/env python3...
import pandas as pd import numpy as np from Bio import SeqIO from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis # read fasta re = {} with open ('***.fasta') as f: for line in f: seq = [] if …