所要提取的序列的ID需要提前写进一个文件中,每行一个。 提取结果也以文件的格式保存,默认为result.fa 脚本如下 1. 采用click模块添加命令行参数。 # -*- coding: utf-8 -*-"""@author: gyw@Date: Wed Feb 27 09:19:54 2019@E-mail: willgyw@126.com@Description: This program can extract sequence...
根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情,有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条,我自己写写了一个,太慢了;后来发现Biopython官方文档里面“Cookbook – Cool things to do with it”第一件事就是做这个事情的,后来我又学习了“冷月”小伙伴在知乎的帖子,稍微改写了一下,其实就是ctrl+c和ctrl+v...
Python根据ID从FASTA文件中批量提取序列 importpandasaspdimportnumpyasnpfromBioimportSeqIOfromBio.SeqUtils.ProtParamimportProteinAnalysis# read fastare={}withopen('***.fasta')asf:forlineinf:seq=[]ifline.startswith('>'):id=line.split(' ')[0].split('_')#切片分割序列名称id='_'.join(id[:4])#...
用python以及命令行参数实现 新建.py文件“”GetSeqFromChrID.py”, python脚本如下: 1importargparse23defread_fasta(input):45with open(input,'r') as f:6fasta ={}7forlineinf:8line =line.strip()9ifline[0] =='>':10header = line[1:]11else:12sequence =line13fasta[header] = fasta.get(he...
把要提取的 序列 ID 写入 id.txt , 一行一个ID 1.seqkit seqkit grep -f id.txt input.fa > output.fa 2.seqtk seqtk subseq input.fa id.txt > output.fa ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 组学分析 更多精彩内容,就在简书APP ...
脚本设计时，采用click模块简化命令行参数的添加。借助click，可便捷地定义命令、参数和选项，使得脚本更为人性化。此步骤简化了用户交互，提升了使用体验。另一种方法则是将FASTA文件中的序列导入字典中进行查找。这种方式在大数据处理时，能显著提升效率。通过字典查找，避免了传统遍历文件的低效操作，使得...
根据fastq序列的id，从原始fastq中提取序列这个操作，应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果...
/usr/bin/env python # usages: python extract_seq_by_pos.py input.fasta id_start_end > result.fasta import sys import re FASTA= sys.argv[1] BED= sys.argv[2] fasta=open(FASTA,'U') fasta_dict= {} for line in fasta: line= line.strip()...
用perl根据ID号在fasta文件中提取序列程序 #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 \n" unless(@ARGV == 2); my %hash; open IN,$ARGV[0]; while(){ chomp; $_=~s/[> \t]+//g; $hash{$_} = 1; } close IN; open IN,$ARGV[1]; $/=">"; ...
根据id或长度提取目标fasta序列软件是由上海锐翌医学检验实验室有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1765375,属于分类,想要查询更多关于根据id或长度提取目标fasta序列软件著作的著作权信息就到天眼查官网!