seqkit grep如何根据ID号只提取序列不提取出其他信息 linux grep提取数字,数据提取操作1、操作命令(都可以结合pipe使用)1、cut:切分操作(可以切分出一整列)2、grep:检索(可以使用正则表达式)3、sort:排序(可以对整列排序)4、wc:统计字符、字数、行数5、uniq:
还是举个例子比较好,我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名,保存为id.name文件,想根据这个id文件从原始的fastq文件(单端)raw.fastq中把序列提出来。这里id.name中id数目42万左右,raw.fastq序列数1000万左右: 代码语言:javascript 复制 $ wc-l id.name426648 id.name$ wc-l raw.fastq41867248raw....
根据ID从FASTA文件中批量提取序列是做序列分析常做的事情,有网友让我帮忙从11万条中挑选7万条,我自己写写了一个,太慢了;后来发现Biopython官方文档里面“Cookbook – Cool things to do with it”第一件事就是做这个事情的,后来我又学习了“冷月”小伙伴在知乎的帖子,稍微改写了一下,其实就是ctrl+c和ctrl+v...
参考官网:https://liaochenlanruo.fun/pgcgap/,需要版本v1.0.35及以上。 开始提取 在终端里打开 PGCGAP 的 conda 安装环境,并运行如下命令: # ids.txt中含有要提取序列的id,可以是一列或者多列,如果为多列,需要用空格或者制表符来分隔列与列,id本身是不能带空格的。 pgcgap --ACC --id2seq --ids ids.t...
我的第二个python小程序:根据ID提取序列 序列比对之后出现一堆结果,我想把跑出来的序列提取出来,然后我只有ID 然而序列文件是这样子的 具体思路: 把ID建立一个列表 然后在序列文件中索引ID,用index函数 然后就可以了。
根据染色体提取gff文件: def get_gff(ingff, outgff): with open(ingff, "r") as mygff: with open(outgff, "w") as myout: gff_li = [] f = mygff.readlines() for line in f: lin = line.strip().split("\t") name = lin[0] ...
假设有一个 fasta 格式的序列文件SRR9620252.faa,我们想要提取其中的一些序列到一个新的文件中,我们拥有这些序列的 id (假设这些 id 存放在文件ids.txt中)。 常规操作的话,可以复制 id,在 fasta 文件中打开搜索,粘贴 id,点击查找,复制找到的序列,粘贴到新的文件中(假设为Seqout.fasta)。假如你只找一条序列,...
1.1 爱基百客云平台小工具之根据序列ID提取fasta里的序列 1.2 参数设置 1.3 结果 01 爱基百客云平台小工具使用 首先,打开爱基百客官网:http://www.igenebook.com;点击菜单栏最右侧“云平台”按钮。 弹出云平台界面(下图),输入账号、密码和验证码方可登录;进入云平台,可以轻松实现多种组学数据的分析和可视化,实现...
用perl根据ID号在fasta文件中提取序列程序 #!/usr/bin/perl -w use strict; die "perl $0 \n" unless(@ARGV == 2); my %hash; open IN,$ARGV[0]; while(){ chomp; $_=~s/[> \t]+//g; $hash{$_} = 1; } close IN; open IN,$ARGV[1]; $/=">"; ...
提取fasta文件genome_test.fa中第14号染色体的序列,其内容如下: 用python以及命令行参数实现 新建.py文件“”GetSeqFromChrID.py”, python脚本如下: 命令行参数输入如下:红色字体是输入部分 结果如下: