荧光定量PCR结束后,使用实时荧光定量PCR仪的自带软件,分析定量PCR的结果。查看qPCR三大曲线:扩增曲线、熔链曲线、标准曲线(制作标准曲线计算此次扩增效率) 荧光定量PCR数据分析 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据分析方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichment)。建议ChIP 实验设置样本的生物学重复,尽可能将结果...
ChIP-qPCR实验一般瞄准的是基因的启动子区域，这一部分相对于基因翻译区，信息要模糊的多，可以通过NCBI上的gene browser来辅助分析，一般可以在转录起始位点（TSS）上游100~1000bp选择，同时需要至少设计两对引物，从中选择效果较好的。以上即是本期的主要内容，从实验原理、一般实验流程和注意事项几个方面来详细介绍ChI...
· 染色质免疫沉淀后的DNA纯化步骤需优化以保证高质量的DNA回收，这对后续的qPCR分析至关重要。实验结果分析与应用 · 通过对富集到的目标DNA序列进行qPCR分析，可定量评估转录因子或其他DNA结合蛋白与其识别序列的结合强度，进一步揭示基因调控网络和表观遗传机制。· 实验数据的分析需考虑到实验的技术变异，包括PCR扩增...
荧光定量PCR结束后,使用实时荧光定量PCR仪的自带软件,分析定量PCR的结果。查看qPCR三大曲线:扩增曲线、熔链曲线、标准曲线(制作标准曲线计算此次扩增效率) 荧光定量PCR数据分析 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据分析方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichment)。建议ChIP 实验设置样本的生物学重复,尽可能将结果...
ChIP 实验的优势在于能够捕捉系统中特定蛋白质-DNA 相互作用,并使用定量聚合酶链反应(qPCR)对相互作用进行量化。染色质免疫沉淀实验需要多种蛋白质组学和分子生物学方法,包括交联、细胞裂解(蛋白质-DNA 提取)、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA 样本回收和 PCR...
去除染色质交联之后,使用典型的酚-氯仿及随后的乙醇沉淀方法或使用 DNA纯化柱试剂盒来进行DNA纯化。一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 三、ChIP实验重点实验细节 1、交联 内源状态下,蛋白和DNA的结合多数是动态的,交联能实现捕获特定时间内蛋白和DNA结合的情况。交联...
2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平。 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP下游荧光定量PCR的结果图 3、DNA微阵列芯片(ChIP-on-chip) 此方法已经基本被功能强大的二代测序所淘汰了。 4、二代测序(ChIP-Sequence) ...
2、荧光定量PCR (ChIP-qPCR) 用于定量检测、验证特定位点的组蛋白修饰水平或转录因子结合水平 示例结果图片如下(Input百分比分析法): ChIP荧光定量PCR结果示例 3、DNA微阵列芯片(ChIP-on-chip) 此方法已经基本被功能强大的二代测序所淘汰了。 4、二代测序(ChIP-Sequence) ...
荧光定量PCR结束后,使用实时荧光定量PCR仪的自带软件,分析定量PCR的结果。查看qPCR三大曲线:扩增曲线、熔链曲线、标准曲线(制作标准曲线计算此次扩增效率) 荧光定量PCR数据分析 两种常用的标准化 ChIP-qPCR 数据分析方法——Percent Input法和富集倍数法(Fold Enrichment)。建议ChIP 实验设置样本的生物学重复,尽可能将结果...