染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
本发明涉及一种染色质免疫共沉淀高通量测序数据处理方法,属于分子生物学技术领域.该方法首先剔除初始序列文件中的低质量序列数据,而后将经筛选的序列数据对比到参考基因组中,根据参考基因组的分类统计不同区域内信号峰数量和密度分布,并确定每个信号峰的邻近基因,进行基因本体功能富集分析,最终生成基因本体功能富集结果文本...
2ChIP-Seq数据分析管道 染色质免疫共沉淀-测序这项技术,相对于以前的测序 方法特点是其在短期内就可以产生海量的生物信息数据.如 何有效且准确地分析这些生物数据,是现在生物信息学面临 的一项重大挑战.在这种情况下,运用不同算法的生物数据 分析软件应运而生.ChIP-Seq数据分析的具体流程见图2. ...
测序技术是将染色质免疫沉淀技术(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP)与新一代测序技术(NextGeneration Sequencing)相结合,其实验原理是:在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞, 分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白质相结合 的DNA片段和目的...
染色质免疫共沉淀测序CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步:1)整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。2)筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的...
第二代测序信息处理于军主译 NGS技术在生命科学领域的应用针对稀有变异检测和元基因组研究的扩增子测序染色质免疫共沉淀测序书籍风格: 测序 第二 检测 沉淀 免疫 染色质 扩增 研究 基因组 稀有 去购买 收藏 图文详情 本店推荐 图文详情 第二代测序信息处理/新生物学丛书 ¥68.8 第二代测序...
peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序...
peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序...
peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互...