R语言实现时序RNA-seq分析 提到RNA-Seq差异表达分析,大家首先想到的癌症与癌旁组织的表达差异分析。然而如果想探究不同时间下对目标产生的影响,此方法便失去作用,那么便出现了时序RNA-seq。今天我们为大家介绍一个可以做时序RNA-seq分析的R包maSigPro。 首先我们看下其安装还是需要借助bioconductor库进行安装,具体步骤...
近年来,RNA测序(RNA-seq)分析已被应用于研究各种组织中基因表达谱的改变,已经确定了一些与遗传性心血管疾病相关的关键基因。 本研究旨在通过时间序列RNA-seq分析db/db小鼠T2DM模型心房的基因表达谱,验证中枢基因的作用。鉴定了db/db小鼠心房组织中差异表达的许多基因,这些基因参与了多种生物学过程和信号通路。其中,丝...
R语言实现时序RNA-seq分析 提到RNA-Seq差异表达分析,大家首先想到的癌症与癌旁组织的表达差异分析。然而如果想探究不同时间下对目标产生的影响,此方法便失去作用,那么便出现了时序RNA-seq。今天我们为大家介绍一个可以做时序RNA-seq分析的R包maSigPro。 首先我们看下其安装还是需要借助bioconductor库进行安装,具体步骤...
Loubaton R, et al. (2024). MultiRNAflow: Integrated analysis of temporal RNA-seq data with multiple biological conditions. Bioinformatics, 40(5): btae315. (2024年5月29日发表) 摘要参考翻译:真核细胞功能的动态转录机制现在可以通过RNA测序进行分析。然而,目前用于分析原始测序数据的软件包无法自动分析...
提到RNA-Seq差异表达分析,人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达,比如说癌组织与癌旁等。但有时候研究人员想要探究某种实验处理方法在不同时间下对目标产生的影响,就会出现时序RNA-Seq,也就有了RNA sequencing time course data。传统两个实验条件下的差异表达已经研究的很成熟了,但时序RNA-Seq的差异表达分析尚处...
11.2 拟时序的建立 伪时间构建通常遵循一个常见的工作流程:第一步,将超高维单细胞数据投影到较低维的表示上。这一过程通过观察动态过程在低维流形上进展而得到证实。在实践中,伪时间方法可能依赖于主成分或扩散成分(例如扩散伪时间 (DPT) 。接下来,伪时间是根据以下原则之一构建的。