R语言实现时序RNA-seq分析 提到RNA-Seq差异表达分析,大家首先想到的癌症与癌旁组织的表达差异分析。然而如果想探究不同时间下对目标产生的影响,此方法便失去作用,那么便出现了时序RNA-seq。今天我们为大家介绍一个可以做时序RNA-seq分析的R包maSigPro。 首先我们看下其安装还是需要借助bioconductor库进行安装,具体步骤...
R语言实现时序RNA-seq分析 提到RNA-Seq差异表达分析,大家首先想到的癌症与癌旁组织的表达差异分析。然而如果想探究不同时间下对目标产生的影响,此方法便失去作用,那么便出现了时序RNA-seq。今天我们为大家介绍一个可以做时序RNA-seq分析的R包maSigPro。 首先我们看下其安装还是需要借助bioconductor库进行安装,具体步骤...
提到RNA-Seq差异表达分析,人们首先想到的是两个实验条件下的差异表达,比如说癌组织与癌旁等。但有时候研究人员想要探究某种实验处理方法在不同时间下对目标产生的影响,就会出现时序RNA-Seq,也就有了RNA sequencing time course data。传统两个实验条件下的差异表达已经研究的很成熟了,但时序RNA-Seq的差异表达分析尚处...
简介:房颤(AF)是2型糖尿病(T2DM)的主要并发症,在心房重构的发病机制中起着重要作用。然而,关于高血糖诱发房颤发生过程中心房中差异表达基因的研究鲜有报道。近年来,RNA测序(RNA-seq)分析已被应用于研究各种…
单细胞测序分析提供生物组织的高分辨率测量。因此,此类技术可以帮助破译和理解细胞异质性和生物过程的动态。相应的研究包括量化细胞命运以及识别驱动该过程的基因。然而,由于在经典单细胞 RNA 测序(scRNA-seq)方案中进行测序时细胞会被破坏,因此无法跟踪它们的发育情况,例如随时间变化的基因表达谱。因此,需要根据测量的快照...
Loubaton R, et al. (2024). MultiRNAflow: Integrated analysis of temporal RNA-seq data with multiple biological conditions. Bioinformatics, 40(5): btae315. (2024年5月29日发表) 摘要参考翻译:真核细胞功能的动态转录机制现在可以通过RNA测序进行分析。然而,目前用于分析原始测序数据的软件包无法自动分析...
尽管单细胞RNA测序（scRNA-seq）协议未能捕捉多个时间点的转录组，但它们确实包含了区分未剪切和剪切mRNA...
RNA速率分析的前提是我们要从ScRNA-seq数据中区分出未剪接(未成熟)和剪接(成熟)的mRNA,分析时需要从fastq文件开始,与基因组比对后提取剪接、未剪接、不确定的信息。 4.RNA velocity:RNAvelocity of single cells. Nature. 2018 Aug. PMID: 30089906.
该工作首次发现了RNA可变剪接的时序性调控,阐述了细胞周期中RNA剪接的周期性波动对细胞分裂增殖的调节作用。在机理上进一步揭示SR蛋白激酶CLK1在这些周期性可变剪接中的作用机制。 选择性剪接对于蛋白表达的多样性具有重要意义:超过90%的人类基因可以通过可变剪接产生不同功能的蛋白亚型。在生物体中,可变剪接被严格调控,...
结果1依据sc RNA-seq结果ADSC分为9个簇,Cyto TRACE显示ADSC的第3簇干性最强,第8簇干性最弱.拟时序分析显示ADSC第3簇主要分布于生长发育中期,而第8簇主要分布于末期.Cyto TRACE筛选出的Top10干性基因在0-8簇中高表达,其中TPM1,CCND1基因在第3簇表达最强,与细胞干性相关性弱的FICD,CREBRF,SDF2L1,HERPUD1,...