单细胞测序可以检测一块组织中每个细胞的转录组情况,但其实一块组织中存在着不同发育状态的细胞,因此通过基因的表达情况我们可以了解一些细胞的发育状况和细胞转化的过程,目前为止做拟时序的软件就有monocle,velocity 等等,在这里我们对目前比较主流的进行测试,后期有发现了好用的软件也会持续进行更新。 测试1:monocle2:...
1做细胞图谱(无组别) 比如细胞有两个亚型A 和 B,两者之间存在一个转变关系,那我们就去做一个拟时序分析, image.png 2、control组的细胞往case组细胞特征转变 两个组别,研究药物处理或其他处理,导致表达谱发生了变化,一种细胞类型去做拟时序分析,否则无意义 3、某一个细胞类型下面的重编程或转变轨迹 比如T细胞...
拟时序(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况通过拟时分析可以来推断发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。并非一定要不同时间段做实验的结果,因为细胞本身存在拟时序变化,细胞是有变化的,可以做拟时序分析。 1. 1.1 数据预处理 # 安装并加载所需的...
拟时序分析:对大家来说,聚类、降维等概念都常听到,但是拟时序分析可能比较陌生,所以给大家口语化地解释这个概念; 数据读取和构建分析对象:包括Smartseq2数据读取并构建scater对象和10x Genomics数据读取构建Seurat对象。注意:构建scater对象和构建Seurat对象是两个知识点,不管是Smartseq2或者10x Genomics,都可以构建这两种...
本章节详细讲解了基于RNA速率的三种拟时序模型，包括稳态模型，EM模型和深度学习模型，并对比了不同模型的...
跟着NC学pseudotime| monocle2 拟时序分析 + 树形图 拟时(pseudotime)分析,又称细胞轨迹(cell trajectory)分析,根据不同细胞亚群基因表达量随时间的变化情况通过拟时分析可以来推断发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。并非一定要不同时间段做实验的结果,因为细胞本身存在拟时序变化,细胞是有变化的,可以做拟...
上图为拟时序分析结果展示，下图为RNA速率结果展示。箭头代表细胞分化方向，不同颜色代表不同细胞类型。上...
monocle3单细胞轨迹分析/拟时序分析求赞,更新动力代码见评论置顶~ Monocle3是单细胞转录组分析领域的最新版本,相较于Monocle2,它在多个方面进行了优化和改进,尤其是在数据分析效率、精度以及功能方面。降维和聚类的改进: Monocle3采用了UMAP(Uniform Manifold Approximation and Projection)降维方法,并结合了Leiden算法进行...
目前进行细胞轨迹分析的方法和软件非常之多,常见的轨迹分析主要是通过monocle软件为代表的拟时序分析(pseudotime analysis)。事实上monocle提供了一套具有启发意义的轨迹方法,通过简单粗暴的方式试图弥补这理想与现实的间隙。在monocle软件里轨迹与图谱是分离的,即TSNE/UMAP的图谱以及另一个降维空间的轨迹。那么有没有一种...
01拟时序分析背景及意义 在整个细胞生命发育过程中,细胞会从一种功能“形态”分化到另外一种功能“形态”。不同形态的细胞会表达不同的基因,以实现它们特定阶段的功能。当细胞在不同形态之间转变时会经历转录重置的过程(一些基因被沉默,一些则被重新激活)。由于通过纯化实验很难获取两个稳定形态细胞之间的中间态,因此...