研究策略:基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq,深圳华大生命科学研究院夏科科团队结合植物样本拥有细胞壁这一特性,针对技术流程进行了优化和改良,建立了一套适用于植物的单细胞级的空间转录组技术流程scStereo-seq,并将其示范应用于拟南芥叶片的时空组学研究中。 通过对6周龄的拟南芥茎生叶进行了取样、实验和测序分...
研究策略:基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq,深圳华大生命科学研究院夏科科团队结合植物样本拥有细胞壁这一特性,针对技术流程进行了优化和改良,建立了一套适用于植物的单细胞级的空间转录组技术流程scStereo-seq,并将其示范应用于拟南芥叶片的时空组学研究中。 通过对6周龄的拟南芥茎生叶进行了取样、实验和测序分...
你可以在 phytozome 或者 arabidopsis 网站上使用“data search”搜索器来检索原始 FPKM 数据库。搜索完成后，你可以点击“Download”按钮来下载拟南芥转录组的原始 FPKM 数据库。您可以在phytozome或arabidopsis网站上的“data search”搜索器中，检索原始FPKM数据库。一旦搜索完成，您只需点击“Download”按钮...
1 首先加载必要的包 代码语言:javascript 复制 library(ggplot2)library(stringr)#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#biocLite("clusterProfiler")#biocLite("org.At.tair.db")library(clusterProfiler)library(org.At.tair.db) 2 然后导入数据 代码语言:javascript 复制 deg1=read.table('https://raw...
除了单细胞转录组数据,PlantscRNAdb也整合了四个物种(拟南芥、水稻、大豆、蝴蝶兰)的空间转录组数据。 图. PlantscRNAdb浏览水稻空转数据 3. PCMDB 全称:PlantCellMarker 数据库链接: https://www.tobaccodb.org/pcmdb/homePage 数据库覆盖:6个物种,22个组织,263个细胞类型,逾8万个marker基因 ...