将上述株系提取它们的RNA送给公司进行RNA-SEQ数据分析。 因为DNA到RNA(即转录)的后期对RNA前体的加工方式(即剪接方式)的不同而造成了不同的剪接本,所以幼苗表现的性状会有所不同。实验对1 280条染色体上的基因进行了数据的分析,下面选一条拟南芥第5条染色体上的基因AT5G43280对实验做全面的概述。AT5G43280这条基...
RNA-seq 结果显示,gend2-1突变体中有 2070 个基因表达显著变化,涉及氧化还原过程、能量代谢、应激反应等生物学过程,表明线粒体功能出现障碍。其中,15 个与线粒体功能障碍调节子相关的基因转录水平显著升高,暗示突变体激活了线粒体功能障碍调节子。进一步研究发现,gend2-1突变激活了ANAC017依赖的信号通路,使突变体...
排除了仅在sNucRNA-seq中出现的群14,使用sNucRNA-seq技术在每个群中检测到的表达基因百分比(从52.7%到73.3%)与使用scRNA-seq技术在每个群中检测到的表达基因百分比(从58.4%到75.2%)没有显著差异(即学生t检验:P > 0.421;图1C)。这些结果表明,细胞和核转录组提供了类似的转录组信息,并暗示单个细胞类型水平上可...
来自山东农业大学郑成超教授课题组李膨呈博士等以拟南芥dsr1突变体为材料,利用RNA-Seq对拟南芥dsr1突变体、野生型拟南芥幼苗样本进行转录组表达谱检测分析,相关结果发表在2016年Natrure 旗下的综合性科学期刊Scientific Reports(IF=5.228)上。其中,本研究中RNA-Seq检测服务由北京博奥晶典生物技术有限公司提供。 研究路线 ...
作者首先通过非标记鸟枪法定量蛋白质组学和RNA-seq分析了30种拟南芥组织样本。RNA-seq一共检测并定量到27655个蛋白编码基因;而质谱一共定量到18210个蛋白,平均覆盖了每个组织表达基因组的66%,与UniProt(27%)中报道的蛋白质水平上有证据的基因百分比相比,这是一个显著的增加,且是早期组织蛋白质组分析中鉴定的蛋白质...
1、比较miRNA及其靶基因的表达模式,联合sRNA-seq和RNA-Seq数据进行分析。正如预期的那样,大多数靶基因的表达趋势与相应的miRNA相反。 2、dcl1-9突变体中,DEGs数量大幅降低,突出dcl1-9对抗TCV反应起负作用。此外,PPR基因可能在植物抗病毒防御中发挥重要作用。
本研究对拟南芥根进行单核RNA测序(sNucRNA-seq) 和单核转座酶可及染色质测序 (sNucATACseq) 测序,与已发表的原生质体转录组进行比较,验证了使用细胞核作为生物实体来建立植物细胞类型特异性转录组的可行性。sNucRNA-seq的结果揭示了单细胞RNA测序未能识别的额外细胞亚型的转录组。与转录组方法类似,sNucATAC-seq方法...
此前吴柘课题组在Molecular Plant期刊上发表了eCLIP-seq数据,证明RZ-1能在拟南芥幼苗体内直接结合RNA (Zhu et al., 2020);在本研究中,作者针对种子中的不同亚细胞组分开展了RNA免疫沉淀实验,证明萌发过程中RZ-1在染色质水平结合NCED6 和ABI3 的新生RNA,显示它们是RZ-1的直接作用底物。由于野生型幼苗期NCED6...
随后,研究通过对接触刺激后的拟南芥叶片进行RNA-seq分析,全面鉴定了机械力敏感的基因。结果显示1241个基因在处理15min后被显著诱导,其中大部分机械刺激(MS,mechanical stimuli)诱导的基因可归为免疫相关基因,87.3%的雨水诱导基因和73.9%的MS诱导基因存在重叠。上述结果表明,雨水下落的机械力刺激了参与环境胁迫响应的机械...
上次salmon做拟南芥转录组分析https://www.jianshu.com/p/af513c3906f1。由于上游分析中mapping为~15%,下游分析时勉强走完差异表达基因及火山图,但不能进行基因功能注释及后续分析。所以将上游分析流程再走一次。 不同:第一次上游分析使用: Arabidopsis_thaliana.TAIR10.42.gff3.gz ...