1 小分子液体 水、乙醇、尿素等小分子液态体系的模拟相对来说很容易达到平衡。即便初始结构设置得比较...
水、乙醇、尿素等小分子液态体系的模拟相对来说很容易达到平衡。即便初始结构设置得比较随意,比如就是用packmol(http://sobereva.com/473)甚至GROMACS自带的粗糙的gmx insert-molecules来建模,由于小分子扩散运动很容易,通常顶多经过几百ps的模拟就能达到平衡。对这类体系衡量是否达到平衡用密度(或盒子体积)、压力、温度...
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