1.全长扩增子测序技术-高级分析点 贝叶斯网络图 在生态学当中,贝叶斯网络常用于判断微生物之间、微生物和环境之间以及微生物与代谢物之间的依赖关系,还可根据微生物群落结构组成判断不同组别样品之间的因果关系。 图1 微生物与环境因子之间的贝叶斯网络(本地化 Cytoscape 绘图) Source Tracker溯源分析 Source Tracker是...
只需要研究样本中微生物的多样性和群落构成,不需要进行更深一步的功能分析,推荐扩增子测序技术。 除了需要进行微生物物种层面的研究之外,还需要进一步相关基因和功能的研究,推荐宏基因组测序技术。 扩增子+宏基因组联合分析:扩增子测序和宏基因组测序的研究目的和深度存在不同,在进行研究时可先使用扩增子测序对多重复...
为了帮助全国相关组织、团体以及企业在微生物组研究和应用方面获得全面、权威、实操性强的指导;解决数据格式标准和技术方案不统一;促进微生物组相关产业良性发展,保障规模型和规范企业的利益;加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,对行业造成不良影响,中国生物工程学会联合其他企事业单位,决定成立“微生物组测序与分析专家...
微生物群落的不完全裂解可导致结果不能准确反应样本中含有的微生物情况。此外,这些样本中存在的 PCR 抑制剂,特别是腐殖酸、多糖、多酚、脂质和重金属,会导致核酸定量不准确,并可能抑制下游应用,例如 qPCR 和下一代测序。 基于经过优化的珠磨和获得专利的抑制剂去除技术 (IRT)、生物信息学以及行业领先的数据分析...
mNGS,也称宏基因组测序技术,是研究环境或人体等样本中所有以DNA为基因组的微生物遗传物质的技术,它的发展开启了微生物研究的新时代。这种技术不依赖微生物分离培养,可直接对临床样本中的核酸进行检测,分析微生物群落、以及微生物与宿主之间的相互关系。 T...
1）能够消除组内误差、检测离群样本：异常样本的存在，会严重影响测序结果的准确性，通过后续信息分析可以发现异常样本，将其排除。2）增强结果的可靠性。测序的样本越多，越能够降低背景差异，从而增加结果可信度；一般情况下，个体之间差别较小的模式动物（比如大鼠，小鼠、鸡等）建议每组至少5个生物学重复，一般推荐...
5R 16S测序技术在医学领域具有广泛的应用前景，特别是在肿瘤微生物组的研究和临床应用方面展现出巨大的潜力。图1. 多重5R PCR扩增区域 表1. 5R 16S测序与常规16S测序比较 技术优势 覆盖区域长 测序覆盖了16S rRNA基因上的5个区域，约占全长的68%。鉴定“种”多 更长的16S rRNA基因覆盖，鉴定出更多更准的菌“...
微生物组测序分析的基本步骤如下: 1. 样品采集和保存 样品的采集是微生物组测序分析的第一步,样品的质量直接影响后续分析的结果。采集样品时应严格遵循卫生和安全规定,并使用无菌采集器具。在采集之后,将样品迅速转移到低温环境保存,以保持微生物组成的相对稳定。 2. DNA提取 DNA提取是微生物组测序分析的关键步骤。
目前宏基因组技术常用的分箱组装算法存在两个问题:(1)菌株水平的分辨率;(2)无法准确描述质粒、噬菌体等可移动基因元件的归属问题。通过单细胞微生物基因组测序,由于测序获得的每一条reads都带有细胞条形码,可以精准区分每个细胞的基因组信息,从而实现同种不同株的检测精度,以及对水平基因转移事件的精准溯源。
病原微生物宏基因组测序(mNGS)是一种无需培养就可以深入快速鉴定感染病原体的新技术,相比传统培养方法拥有更高敏感性的同时又与精准诊疗的理念相契合。mNGS直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,快速、客观检测临床样本中的多种病原微生物(包括病毒、细菌、真...