1.全长扩增子测序技术-高级分析点 贝叶斯网络图 在生态学当中,贝叶斯网络常用于判断微生物之间、微生物和环境之间以及微生物与代谢物之间的依赖关系,还可根据微生物群落结构组成判断不同组别样品之间的因果关系。 图1 微生物与环境因子之间的贝叶斯网络(本地化 Cytoscape 绘图) Source Tracker溯源分析 Source Tracker是...
而近期，三代测序技术已引发整个行业的关注，不少企业正积极布局，将其作为二代测序技术的有效补充，在针对二代测序范围外的复杂基因突变类型进行测序方面寻求新的解决方案。有鉴于此，中国科学院微生物研究所王军研究员课题组和中国科学院动物研究所宋默识研究员课题组合作，利用三代纳米孔测序技术解析了肠道宏基因组，...
目前,单细胞微生物组测序技术包括单细胞扩增子测序、单细胞基因组测序和单细胞转录组测序。其中单细胞扩增子测序(BarBIQ)能够对微生物群落进行绝对定量;单细胞微生物基因组测序(EASi-seq)可以实现对数千种微生物基因组进行一次测序;单细胞微生物转录组测序(SmRandom-seq)能够对1万个单菌细胞转录组(~1000 genes/cell...
宏基因组高通量测序技术广泛应用于多种动物和病原微生物的检测，鉴于可能面临高致病性病原微生物的风险，进行此类测序的实验室必须达到生物安全二级（BSL-2）或以上标准，并具备相关资质。在实验操作中，实验室应严格遵循农业农村部及相关法律法规的规定。此外，实验室的结构布局对于确保测序的准确性至关重要。宏基因组...
目前宏基因组技术常用的分箱组装算法存在两个问题:(1)菌株水平的分辨率;(2)无法准确描述质粒、噬菌体等可移动基因元件的归属问题。通过单细胞微生物基因组测序,由于测序获得的每一条reads都带有细胞条形码,可以精准区分每个细胞的基因组信息,从而实现同种不同株的检测精度,以及对水平基因转移事件的精准溯源。
microbe-seq是哈佛大学和麻省理工学院研究团队发明的微生物高通量单细胞基因组学技术,它可以不需要培养即从复杂微生物群落中获取成千上万个单细胞微生物的基因组信息,并组装出高质量的菌株水平基因组,在不损失分辨率或广泛物种适用性的基础上探究微生物群落的基因组。这项技术应用广泛,可用于研究粪便、土壤和海洋等具有...
一、微生物基因组测序技术的基本原理 微生物基因组测序技术是指将微生物DNA分子逐一排列,从而得到一条由ATCG四种碱基构成的“基因序列”。这种技术的基本原理是将DNA从细胞中分离出来,通过PCR扩增等方法得到大量的DNA片段,然后用高通量测序仪对这些DNA片段进行测序,最后将这些片段拼接得到完整的基因组序列。 目前,微生物...
图3. 宏基因组测序流程图 3. 微生物单细胞测序 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 已成为表征真核生物基因表达的重要工具,但技术挑战长期以来一直阻碍 scRNA-seq 技术适应微生物。主要原因有: 1)细菌的mRNA含量低,比真核细胞低2个数量级,并且细菌mRNA没有被多聚腺苷酸化,这使得与rRNA分离困难; ...
然而,要准确地使用微生物基因组测序技术,需要掌握一定的技巧和注意事项。本文将总结一些关键的使用技巧,以帮助研究人员更好地进行微生物基因组测序。 1. 样品采集与保存 在进行微生物基因组测序之前,样品的采集和保存非常重要。正确的样品采集方法能够确保所得到的基因组序列准确反映微生物群落的真实情况。首先,需要...
针对目前菌群测序方法学领域面临的痛点与难点,中国科学院青岛生物能源与过程研究所所单细胞中心和中国海洋大学提出一种高物种分辨率、高灵敏性,并可同时鉴定所有原核与真核微生物、不惧样品降解或污染的低成本微生物组测序技术2bRAD-M。 在微生物组研究...