宏基因组学又称为环境基因组学,或者群落基因组学,它是指环境中全部微生物基因的总和,包括细菌基因组和真菌基因组,所获得的基因是包含了可培养和还不能培养的微生物的总基因,是一种微生物的研究方法,通过基因筛选和序列分析来研究环境微生物的功能活性、多样性、种群结构、进化关系以及它们与环境之间的关系。 技术路...
梁晓燕教授（一作：杨星副主任医师）研究团队在 Microbiology Spectrum期刊发表了题为 “Interaction between Cervical Microbiota and Host Gene Regulation in Caesarean Section Scar Diverticulum”的研究成果，采用微生物组学、代谢组学和转录组学等研究方法，全面描述了剖宫产瘢痕憩室中微生物群的异常活动特征以及宿主-微...
微生物和代谢组联合分析从两个层面去进行联合,整体层面去展示微生物和代谢物之间的整体相关性,比如普氏分析、代谢物聚类-菌群相关性分析;从差异层面则基于不同的差异处理组,去进一步联系表型关系,看具体的微生物和代谢之间的关系是否与生物的表型差异相关,这里则主要有差异代谢物和菌群相关性分析、协惯量分析、典范对应...
微生物组学可以应用在不同领域,如人类医学、农业、环境保护和工业生产等。 在微生物组学中,研究微生物的方法主要包括高通量的测序技术、组学数据的分析、挖掘及结构预测、以及微生物命名和分类等。研究者通过对微生物群落的分析,可以获得大量关于微生物间关系、功能、代谢途径、基因表达等方面的信息。 微生物组学是一...
● 代谢组学是对微生物群落或宿主的代谢产物进行研究，也就是所有存在的小分子的集合。借助它可以识别不同生物体产生和吸收的代谢物，并洞察它们的代谢相互作用。多组学方法可以将各种组学结合起来进行分析，以提供对微生物群落的全面认知。通过整合一个生境中不同生物的基因组、基因、蛋白质和代谢物等信息，可以获得...
微生物组(Microbiome)是指一个特定环境中的微生物群,它们生活在一定环境空间,相互影响并彼此平衡,从而形成了相对稳定的生态环境。 包括微生物(细菌、古细菌、低等或高等真核生物和病毒)的基因组(基因),以及其周围环境在内的全部。特点是结合了宏基因组学、代谢组学、宏转录组学、以及宏蛋白组学等和临床/环境数据的...
近年来,随着DNA/RNA、蛋白质以及代谢物检测分析技术的迅速发展,以及计算能力的飞速提升,聚焦于微生物组的研究正以指数级的速度迅猛增长。作为目前当红的研究热点,微生物组学可谓“集万千宠爱于一身”,已广泛应用于人体/动物、自然/工业等各种环境体系的微生物群落研究中。
近年来研究者们利用 测序+培养的互补策略,既能快速获得样品中大量微生物组信息,又能通过分离培养得到实物菌株以研究其生长特性、生理功能、代谢功能、与宿主和环境的相互作用等,切实推动了微生物学的发展。在实…
发文新方向:孟德尔随机联合多组学 概普生信 沉浮生信多年的老司机,带你起飞。个性化生信分析定制联系生信人 氧化应激(OS)是克罗恩病(CD)的关键病理生理机制。OS相关基因可能受到环境因素,肠道炎症,肠道微生物群和表观遗传变化的影响。然而,OS作为潜在的CD病因或触发因素的作用尚不清楚,因为CD中差异表达… ...
对所有样本同时进行16S和ITS测序分析,即同时从细菌和真菌2个角度分析微生物的作用机制,通过拓宽研究范围提升文章水平,主要包含两种多组学分析思路:1)细菌和真菌的对比,从多样性,结构,与环境因子关联的层面,探讨细菌和真菌对分组差异响应的异同;2)细菌与真菌的互作关系,探讨由于底物竞争等存在的物种间的关联网络。