该研究利用空间转录组技术对急性损伤引起的脊髓中分子和细胞水平的复杂变化进行了全面深入的梳理和分析,通过刻画脊髓损伤 (spinal cord injury, SCI)后基因表达和分子变化的时空特征,以及绘制原位细胞互作网络图谱识别出一类发生特定位置迁移的星形...
研究人员首先利用10x Genomics visium空间转录组技术,选取代表性切片构建了E13.5小鼠胚胎空间转录组图谱。首先,研究人员通过无监督聚类识别了19个空间分子结构域,并利用空间特征基因,通路富集,组织解剖结构等进行了注释,涵盖了器官发生时期主要组织和器官。他们还通过重构三维虚拟胚胎模型直观地展示了器官发生时期的三维空间结...
研究人员通过整合空间转录组数据和已有的SCI单细胞/单核测序数据对Astro-GMii细胞的分子特征进行了多水平、多维度的分析,从中鉴定出可以标记Astro-GMii并在SCI后特异性上调的特征基因之一Igfbp2。值得一提的是,通过空间转录组识别出某种特定细胞亚型或亚群后,可以对其位置信息进行分子特征提取,获得“位置指纹”。用这些位...
该研究首次构建了食蟹猴原肠运动时期高精度的解剖图谱,并建立了连续五个发育时期的3D胚胎模型;同时采用Geo-seq空间转录组技术构建了其中两个重要非人灵长类原肠发育时期的空间转录组图谱,揭示了灵长类在胚层发生过程中的关键调控网络,跨物...
该工作通过全面深入的空间转录组分析建立了SCI交互式时空数据库(https://spasi.ccla.ac.cn/),并完成了大量体内和体外的验证实验以及功能研究。成年哺乳动物的 中枢神经系统的再生能力非常有限,其损伤所造成的…
近日，中国科学院上海有机化学研究所生物与化学交叉研究中心方燕姗课题组、中国科学院广州生物医药与健康研究院彭广敦课题组和暨南大学李昂课题组合作，在Developmental Cell期刊在线发表了最新研究成果。该研究利用空间转录组技术，深入剖析了急性脊髓损伤后分子和细胞水平的复杂变化。通过构建SCI后基因表达和分子变化的时空...
这项研究首次构建了小鼠早期胚胎着床后发育时期高分辨率时空转录组图谱，获得了超2万个基因从时间和空间上的表达模式；首次从分子层面揭示了内胚层谱系的新来源，为理解胚层谱系建立及多能干细胞的命运调控机制，提供了翔实的数据，也为基于干细胞的再生医学研究提供了全新思路。“做科研最快乐的地方，是取得一点进步，...
空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向,也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术,获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。 空间转录组学技术在复杂的生理、病理条件下研究不同位置区域细胞的异质性,特别是针对肿瘤和干细胞生物学,发掘具有独特分子特征的...
大脑是一个复杂的器官,由功能相互联系的神经元、胶质细胞和其他非神经细胞在空间中复杂排列而成。目前,单细胞多组学方法已经提供了大脑中细胞命运和功能的分子属性和遗传基础,并且随着空间转录组技术的出现,大脑的分子细胞结构也得到了进一步的研究。然而,定义和构建大脑功能模块的直接挑战在于破译复杂的基因调控网络,例如...