该研究利用空间转录组技术对急性损伤引起的脊髓中分子和细胞水平的复杂变化进行了全面深入的梳理和分析,通过刻画脊髓损伤 (spinal cord injury, SCI)后基因表达和分子变化的时空特征,以及绘制原位细胞互作网络图谱识别出一类发生特定位置迁移的星形...
研究人员通过整合空间转录组数据和已有的SCI单细胞/单核测序数据对Astro-GMii细胞的分子特征进行了多水平、多维度的分析,从中鉴定出可以标记Astro-GMii并在SCI后特异性上调的特征基因之一Igfbp2。值得一提的是,通过空间转录组识别出某种特定细胞亚型或亚群后,可以对其位置信息进行分子特征提取,获得“位置指纹”。用这些位...
虽然单细胞转录组分析可以重建胚胎细胞的发育轨迹,但缺乏真实的空间信息,无法将发育调控过程中的时间和空间信息联合分析,而细胞在早期胚胎中的空间位置对其发育分化命运又是至关重要的。为解决这一难题,景乃禾课题组及其合作团队多年来在这一领域深耕,建立了一种基于激光显微切割的低起始量空间转录组分析方法(景乃禾组建...
同分层细胞景观,作者接着对4例骨关节炎患者中承重区(磨损严重区域,WB)与非承重区(轻度磨损区域,NWB),以及1例正常对照样本膝关节软骨进行了空间转录组测序(Geo-seq)数据分析,即对软骨组织中的软骨膜(AS), 表层(SZ),中层(MZ)及深层(D...
该工作通过全面深入的空间转录组分析建立了SCI交互式时空数据库(https://spasi.ccla.ac.cn/),并完成了大量体内和体外的验证实验以及功能研究。 成年哺乳动物的中枢神经系统的再生能力非常有限,其损伤所造成的伤害大多是不可逆的、难以恢复的。以脊髓损伤(spinal cord injury, SCI) 为例,SCI后可出现轴突退化、神经元...
该研究利用空间转录组技术对急性损伤引起的脊髓中分子和细胞水平的复杂变化进行了全面深入的梳理和分析,通过刻画脊髓损伤 (spinal cord injury, SCI)后基因表达和分子变化的时空特征,以及绘制原位细胞互作网络图谱识别出一类发生特定位置迁移的星形胶质细胞亚群,并鉴定出该亚群的特征基因之一Insulin-like growth factor ...
这项研究首次构建了小鼠早期胚胎着床后发育时期高分辨率时空转录组图谱，获得了超2万个基因从时间和空间上的表达模式；首次从分子层面揭示了内胚层谱系的新来源，为理解胚层谱系建立及多能干细胞的命运调控机制，提供了翔实的数据，也为基于干细胞的再生医学研究提供了全新思路。“做科研最快乐的地方，是取得一点进步，...
虽然单细胞转录组分析可以重建胚胎细胞的发育轨迹，但缺乏真实的空间信息，无法将发育调控过程中的时间和空间信息联合分析，而细胞在早期胚胎中的空间位置对其发育分化命运又是至关重要的。为解决这一难题，景乃禾课题组及其合作团队多年来在这一领域深耕，建立了一种基于激光显微切割的低起始量空间转录组分析方法（）（...
空间转录组学技术是转录组学研究领域的新方向,也是研究细胞异质性方面的新方法。该技术通过整合与优化单细胞测序和激光显微切割技术,获得少量细胞转录组信息的同时可以保留细胞原有位置信息。 空间转录组学技术在复杂的生理、病理条件下研究不同位置区域细胞的异质性,特别是针对肿瘤和干细胞生物学,发掘具有独特分子特征的...