首先用鼠标选中裁剪区域(上方红色区域)。 再点击"Edit",选择"Deleta"进行删除 总结 Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用AI等工具进一步修图,例如只保留序列比对图和序列标识图,并与前期的家系分析图和一代测序峰图合并、保存,最终插入到文章中使用...
Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用AI等工具进一步修图,例如只保留序列比对图和序列标识图,并与前期的家系分析图和一代测序峰图合并、保存,最终插入到文章中使用。
1、序列比对 2、作图处理 序列比对 利用CLUSTALW网站可迅速完成比对,网址为Multiple Sequence Alignment - CLUSTALW (genome.jp) 以图中所示的PDB 编号为 7EHW 和 5DW1 的2段序列作为演示,比对结果迅速弹出。 2. 下载比对结果 弹出的结果如下所示: 比对结果提供了 2 种格式的文件,分别为aln和 dnd 格式,点...
1️⃣ 首先,将构建进化树的序列以统一格式复制粘贴到txt文档中,并保存。2️⃣ 接着,启动Clustal X软件(exe文件),点击File-load sequence,选择刚才保存的txt文档。3️⃣ 然后,在Clustal X中点击Aligment-Do complete aligment,完成比对后保存为aln格式。4️⃣ 打开GeneDoc软件,点击file-import,选择....
首先选中比对序列 (下图红框),按照如下操作 Calculate 选择比对算法 序列的剪辑 文章中一般只展示目标区域,需对序列进行裁剪。首先用鼠标选中裁剪区域(上方红色区域)。 再点击"Edit",选择"Deleta"进行删除 总结 Jalview的序列标识图比较美观,整体的美化和裁剪操作也很方便。导出图片后 (导出方法可参考之前推文),可利用...
关于ggmsa包的使用,需要一点R语言基础,它也是一个用于多序列比对序列可视化的工具,绘图风格有点像Jalview。 #安装ggmsa包; BiocManager::install("ggmsa") #载入ggmsa包; library(ggmsa) #获取目录路径; dir1<- getwd #生成文件路径; protein_sequences<- paste(dir1,"protein_alignment.fas",sep ="/") ...
5、利用矢量图软件AI进行序列美化修饰 以上的介绍够详细吧,相信你按着步骤也能做出美美的让老板羡慕的多序列比对图。 生信漫谈,小知识,大智慧!欢迎大家一起讨论学习 生信漫谈 生信漫谈,认识生信,学习生信,跨越生信入门路上的障碍,从而利用生信技术解决科研学习路上的绊脚石!
1、在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质序列,本例分别采用PDB ID为3L3U和3OYA的蛋白质序列的A链作比对,并得到序列比对图; 2、打开ClustalW网站,采用Clustal算法进行序列比对,输入格式如下,点击Execute Multiple Alignment进行序列比对;