browseURL(myReport) 4. 差异注释 在最后一部分,我们可以将我们的差异 ATACseq 区域注释到基因,然后使用基因信息来测试 GO 集的富集。 由于我们有 TSS +/- 500bp 范围内的区域子集,此时我们可以使用标准富集分析。这里我们使用clusterProfiler来识别富集。 anno_KidneyMinusHindbrain <- annotatePeak(KidneyMinusHindbra...
然而,ATAC-Seq并不直接用于检测差异基因。ATAC-Seq主要用于研究细胞核中染色质开放区域,这些区域通常与转录因子结合并调控基因表达。通过分析ATAC-Seq数据,可以获得转录因子结合位点以及可能被调控的靶基因的信息。 如果需要检测差异基因,通常需要结合其他基因表达谱分析技术,例如RNA-Seq。RNA-Seq是一种用于定量分析基因表...
1. 所有的方法都将FPR控制在5%以下;2. 由于TP的召回率由于样本数而提升,DESeq、DESeq2和edgeR在1CPM组中的FPR保持在0左右,而TP偏低;3. 在两重复情况下,edgeR在1CPM(10%,20%,50%和100%平均差)能有~25%的TP,而在其他两组中edgeR能有40%的TP而FPR只上升了~3%;4. DESeq和DESeq2对FPR控制的最好,...
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值,就是peaks,不同样品的peaks的差异主要是两个思路,使用韦恩图展现有无peaks的差异,另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了,有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析,不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析,让我们一起看看距离2013年的ATAC-se...
ATAC-seq中分析出来的fragment图样本质检有明显有差异可能存在以下原因：1.样本质量：样本的细胞活性差、...
便于后续的组间信号对比。例如，我们可能会关注后脑和肾脏样本之间的信号差异，通过GRanges对象进行深入分析，并生成HTML表以可视化IGV中的结果。最后，我们将差异ATAC-seq区域注释到附近的基因上，利用TSS（启动子）±500bp范围，通过clusterProfiler进行基因富集分析，以探究这些区域可能的功能关联。
而对于ATAC-seq,可以使用DESeq2,也可以用DiffBind。当然在这个DiffBind文档里,官方也使用了这个包来进行ChIP-seq差异peak的分析,所以到底使用哪种方法还是看自己的经验和分析出的结果能不能通过实验的验证。 前言:DiffBind介绍 该包的主要重点是确定样本之间有差异的位点。它包括支持峰集处理的功能,包括重叠和合并峰集...
使用DiffBind包提取ATAC-seq数据中的差异peaks主要包括以下几个步骤: 1.准备输入数据: 首先,需要准备ATAC-seq数据,这通常是peak调用软件(如MACS2)产生的peak文件。对于多个样本,你需要为每个样本准备一个peak文件。 2.创建样本表: 在DiffBind中,你需要创建一个样本表(通常是CSV或者Excel格式),包含样本信息,如样本名...
一、染色质开放研究技术发展史 ATAC-seq作为表观组学研究技术之一，已经被很多组学专家所接受并已经在应用...
ATAC-seq 特定选项: -j: 使用 ATAC-seq 模式(默认为关闭)。 -d <int>: 将切割位点扩展到 <int> bp(默认为 100)。 -D: 跳过 Tn5 切割位点的调整(默认为关闭)。 峰值调用选项: -p <float>: 最大 p 值阈值(默认为 0.01)。 -q <float>: 最大 q 值阈值(FDR-adjusted p-value; 默认为 1)。