道理很简单,人类转录组有很多成分,除了我们平时讲的mRNA,还有非编码RNA,假基因RNA,核糖体RNA等等。基因芯片检测的时候,都会涉及到这些RNA,但他们中间有些要么不是基因,要么功能还没明确,甚至未被命名,所以一般在分析的时候都会把这些没有symbol的探针直接滤过就可以了。 如何应用GEO2R的在线工具来帮助寻找差异基因 ...
概率方法与其他方法的比较传统方法的优势:可以直接观察和验证差异基因,具有较高的可信度概率方法与传统方法的结合:可以互补优势,提高寻找差异基因的准确性和效率概率方法:基于概率论和统计学,通过计算概率分布和期望值来预测和估计差异基因传统方法:基于生物学和遗传学,通过实验和观察来寻找差异基因概率方法的优势:可以处理...
差异分析方法大全 Kolmogorov-Smirnov test KS检验有两个弊端,首先是它假设基因表达量是连续的,如果有很多细胞表达量一致,比如都是0,表现就很差。其次它对大样本量太敏感了,可能其实差异并不大,但是样本数量很多,也会被认为是显著差异。 pVals <- apply(norm, 1, function(x) { ks.test(x[group =="NA19101...
但是总共却是16026个基因,所以有一些基因是不确定显著与否的。 差异分析方法大全 Kolmogorov-Smirnov test KS检验有两个弊端,首先是它假设基因表达量是连续的,如果有很多细胞表达量一致,比如都是0,表现就很差。其次它对大样本量太敏感了,可能其实差异并不大,但是样本数量很多,也会被认为是显著差异。 pVals <- app...
寻找差异表达的基因有不少方法,抑制消减杂交(SSH)是比较有效的一种方法。以Clontech的PCR-Select cDNA Subtraction Kit为例:将样品(tester)和对照(driver)的mRNA分别反转录并合成为双链cDNA后进行酶消化;样品(tester)分为两组,分别加上不同的adaptor1/2;再将两组样品(tester)分别与过量的对照(driver)杂交,两份...
最后我们得到了839个差异基因。 3、转录组差异基因筛选 这里直接使用的数据同样也是关于Kawasaki disease研究的,GEO数据集为GSE64486,我们这里直接采用已经处理好的表达矩阵,但是我们这里使用的表达矩阵数据为GSE64486_untreated_vs_control_foldgenes_broad.txt.gz,即未治疗的与对照组。
如果做了数据整合,比如处理组和对照组,就要先用 FindConservedMarkers 函数找到保守的差异表达基因,用它们来作为 marker 基因对 cluster 做注释,注释完以后,再用 FindMarkers 函数比较这个 cluster 中的处理组细胞和对照组细胞之间的差异表达基因。 需要解答:那要是不止两组,有好几组,用哪个函数呢?解决方案___ 转...
1）利用表达谱芯片或者RNA-seq寻找差异表达基因时，就是比较同一基因在不同条件下的表达差异，用Gene ID...
先跟你说，判断差异基因一般有俩标准，一个是logFC，另一个是q-value log2 FC 来确定差异表达基因...
图1基因表达谱的矩阵表示>寻找差异表达的基因:原理介绍:差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关 miRNA 以及基因的方 法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是 Fold change方法。它的优点是计算简单直观,缺点是没有考虑到差异表达的统计 显著性;通常以2倍差异为阈值,判断基因是否差异表达。Fold...