⽐较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的⽅法 背景介绍 如果是bulk RNA-seq，那么现在最流⾏的就是DESeq2 和 edgeR啦，⽽且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现。对单细胞测序数据来说，通常需要先聚类之后把细胞群体进⾏分组，然后来⽐较不同的组的差异...
LR 对于每个基因:利用逻辑回归,使用这个基因的表达来预测分组(属于(1) 或 不属于(0)这个细胞类型),如果有隐变量,就也作为自变量加到回归模型里。 函数:Seurat:::LRDETest function(data.use, cells.1,cells.2,latent.vars=NULL,verbose=TRUE){group.info<-data.frame(row.names=c(cells.1,cells.2))group....
用mRNA差异显示方法筛选HIV-1/HCV-1合并感染者差异表达基因 目的建立 mRNA 差异显示技术平台,寻找 HIV-1/HCV-1合并感染者差异表达基因。方法分离正常人、HIV 感染者、HCV 感染者及 HIV/HCV 合并感染者外周血单核细胞,提取 RNA,... 赵锦,赵广录,周克恒,... - 全国病毒学学术研讨会暨武汉现代病毒学国际研讨会...
摘要 多种因素导致的基因差异性表达与疾病的发生发展有关,差异性表达基因的分离有助于研究疾病的发病机理.目前,分离差异性表达基因的方法主要有消减杂交和差异显示两大类,其中每一种又有多种衍生方法,本文就这些方法的原理及主要优缺点进行比较综述. 关键词...
计算了上述两种细胞类型每个基因的平均log2FC值 那么软件是如何计算平均差异表达的logFC的呢? base=2pseudocount.use=1mean.fxn<-function(x){return(log(x=rowMeans(x=x)+pseudocount.use,base=base))}# 加载数据## data.use代表所有基因的表达矩阵object=data.use# Calculate percent expressed## 定义阈值...
寻找差异表达的基因有不少方法,抑制消减杂交(SSH)是比较有效的一种方法。以Clontech的PCR-Select cDNA Subtraction Kit为例:将样品(tester)和对照(driver)的mRNA分别反转录并合成为双链cDNA后进行酶消化;样品(tester)分为两组,分别加上不同的adaptor1/2;再将两组样品(tester)分别与过量的对照(driver)杂交,两份杂...
差异分析方法大全 Kolmogorov-Smirnov test KS检验有两个弊端,首先是它假设基因表达量是连续的,如果有很多细胞表达量一致,比如都是0,表现就很差。其次它对大样本量太敏感了,可能其实差异并不大,但是样本数量很多,也会被认为是显著差异。 pVals <- apply(norm, 1, function(x) { ks.test(x[group =="NA19101...
比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法 背景介绍 如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现。 对单细胞测序数据来说,通常需要先聚类之后把细胞群体进行分组,然后来比较不同的组的差异表达情况。当然,...
如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现。 对单细胞测序数据来说,通常需要先聚类之后把细胞群体进行分组,然后来比较不同的组的差异表达情况。当然,也有不少单细胞测序实验设计本身就有时间点,不同个体来源,...
如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现。 对单细胞测序数据来说,通常需要先聚类之后把细胞群体进行分组,然后来比较不同的组的差异表达情况。当然,也有不少单细胞测序实验设计本身就有时间点,不同个体来源,...