富集通路常用的展示方式就是柱状图,之前我们已经做过很多种了,这里我们展示一种,将通路名称加在柱子上,这样展示的一个好处就是节约地方。 setwd("D:/KS项目/公众号文章/富集柱状图文字添加到柱子上") …
更有“双侧柱状图”、“环状柱状图”、“堆积柱状图”、“组合柱状图”等多种“高级”玩法。针对多元的科研需求,康测科技开发出个性化极高的“富集柱状图”云工具。 二、康测科技富集柱状图云工具 1、功能划分简洁明了,页面模块高效引导 从左往右依次为导航栏、使用指南、数据预览、参数设置和问题解答。 2、全方位...
🌟柱状图,这个“简单好用”的统计图表,在富集分析中可是大放异彩!文献中常常用它来展示GO、KEGG、GSEA、GSVA分析下不同分组中显著富集的Term/Pathway/Gene Set。 🌟柱状图的风格也是千变万化,比如柱子颜色可以单一也可以多彩,既能用于分类(GO二级分类、上下调基因等),也能反映显著性的高低或通路中富集基因数的多...
这样,你就可以得到一个简单的GO富集分析的柱状图,其中横轴表示富集的GO术语,纵轴表示-log10转换后的显著性水平。 3. 如何在R语言中绘制GO富集分析的三合一柱状图? 三合一柱状图是一种常见的方式,可以同时展示GO富集分析的三个方面:富集的GO术语、显著性水平和基因数。在R语言中,可以使用enrichGO函数返回的结果中的...
一分钟画出添加注释框的GO富集柱状图~~~代码使用过程遇到问题联系up,vx: InfoStudio01, 视频播放量 1856、弹幕量 0、点赞数 17、投硬币枚数 3、收藏人数 49、转发人数 4, 视频作者 科研君Anky, 作者简介 SCI一对一辅导|生信分析|科研绘图|定制分析,相关视频:
富集分析的步骤 进行富集分析通常包括以下几个步骤: 数据准备:获取基因表达数据或基因列表。 选择富集分析工具:选择合适的工具来进行富集分析,如clusterProfiler包。 执行分析:运行富集分析,获取结果。 结果可视化:采用柱状图展示富集结果。 接下来,我们将详细讨论这些步骤,并提供相关的R代码示例。
中文:使用GO富集分析的()的功能注释 (2)英文:Bar graph showing the functional annotation of()(the longer bar means the more genes enriched) 中文:条形图显示()的功能注释 (3)英文:GO enrichment analysis of(). 中文:()的GO富集分析 (二)举例 ...
有人说富集也有用柱状图的,这个应该是最好画的图。可以水平放,也可以垂直放。 dt1 <- data[data$Time=="0.25h",] CPCOLS <- c("red", "blue", "cyan") textcolor <- c(rep("red",7),rep("cyan",13),rep("blue",10)) dt1$number <- factor(rev(1:nrow(dt1))) //生成一个numbder的原...
【Graphpad Prism】画富集通路柱状图 #graphpadprism - Senn生物学长于20240326发布在抖音,已经收获了1554个喜欢,来抖音,记录美好生活!
ggplot(dat, aes(y = reorder(KEGGPathways, GeneRatio100), x = neglogP, fill = GeneRatio100)) + geom_bar(stat = "identity") + theme_minimal() + labs(y = "KEGG Pathways", x = expression(-log(Enrichment~P-values)), title = "KEGG Pathways Enrichment", fill = "Gene ratio(%)") ...