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量化了从数据集中随机抽取的个体物种身份的不确定性。 Pi:物种 的个体占群落中总个体数比例 R:物种数目 simpson指数及其变形 辛普森多样性指数=随机取样的两个个体属于不同种的概率=1-随机取样的两个个体属于同种的概率 Simpson指数: Pi:物种i的个体占群落中总个体数比例 S:物种数目 N:群落中全部物种个体数 Ni:...
vConTACT2网络分析将HGAVD病毒聚类为68个VC,而102个MGV古菌病毒序列聚类为15个VC,37个来自UHGG中古菌基因组的嵌合体仅聚类为9个VC,反映了HGAVD在属级别上代表肠道古菌病毒分类的更大多样性。我们发现,大多数HGAVD病毒物种(n=1097;86%)未与其他病毒集合中的任何病毒基因组聚类(图1d),而大多数37个古菌嵌合体(78...
第一招先从“物种量”的层面拆解群落组成,宏基因组通常能够识别上千个微生物物种,Alpha多样性分析主要是评估样本中微生物种/属水平物种的数量,进而可以通过统计检验判断不同分组间的物种量是否有显著差异。Chao1和ACE指数仅仅能反映物种数量(丰富度),具有一定的局限性,因此在文章发表时更多选用或结合Shannon/Simpson指...
宏基因组指为某特定环境中所有微生物的基因组的总和,宏基因组学研究则通过直接分析环境中微生物的DNA来获知微生物群落的遗传、功能与生态特性。 目前的宏基因组研究紧密依赖高通量测序技术,包括扩增子测序与宏基因组测序。 扩增子测序主要针对核糖体RNA基因(rDNA)和功能基因,前者对细菌或古菌16S rDNA 及真菌18S rDNA...
宏基因组学(metagenomics)是一种以环境样品中的微生物群体所有基因组作为研究对象,利用基因组学的研究策略研究环境样品中所包含的全部微生物的遗传组成及其群落功能的新的研究微生物多样性的方法。 宏基因组学以微生物的多样性、种群的结构、进化关系、功能活性、相互间的协作关系以及与环境之间的关系为研究目的,其研究...
对菌群16S rRNA基因进行高通量测序,无疑是微生物组研究中最基础也是最常用的研究方法,能以较高的性价比揭示菌群的具体物种组成,从而解答“群落中有谁在?”的基本问题。然而,很多时候,我们更希望知道菌群行使的具体功能,也就是解释“它们...
在宏基因组测序分析中，β多样性分析旨在揭示不同环境或条件下的微生物群落结构差异。通过计算不同样本间的距离，可以定量评估β多样性。不同分析方法所生成的输出文件包括：距离矩阵（S.beta.dist-braycurtis.table）、NMDS（非度量多维尺度分析）-plot和表格（S.beta.NMDS.pdf和S.beta.NMDS.table）、...
对繁殖障碍种猪中所携带的繁殖障碍病毒进行全基因组序列特征分析,为猪场的繁殖障碍病毒病的防控提供科学依据。通过高通量测序、宏病毒组分析的技术测序样品中的全基因组,分析比对,找出病原病毒,得出结果主要为猪繁殖和呼吸综合征病毒。 关键词:猪;繁殖障碍病毒;宏病毒组 ...
在本研究中,首先通过分析来自马里亚纳海沟、雅普海沟和克尔马德克海沟等海沟沉积物和水样的19个宏基因组,建立了海沟病毒基因组数据集(OTVGD)。海沟病毒群落具有非常高的新颖性,预测会感染对生态系统具有重要作用的微生物类群,包括Thaumarchaeota和Oleibacter,并提出病毒群落在海沟间和海沟内存在显著交换性。此外,病毒...