宏基因组( Metagenome) 指特定环境下所有生物遗传物质的总和。它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因。一般从环境样品中提取基因组DNA, 进行高通量测序,从而分析微生物多样性、种群结构、功能信息、与环境之间的关系等。 宏基因组的分析目前主要包括三种方法:基于组装分析、基于reads分析、基于bin分析。 下面我们介...
菲沙基因 以生物信息学助推生命科学研究,以基因组医学促进人类健康发展摘要 通过阅读之前的文章,我们已经掌握了宏基因组组装和基因丰度定量的方法,即最终获得了非冗余基因集和基因丰度信息,而在后序的分析之前我们首先要做的便是基于这些信息进行物种与功能注释。本文会介绍一些物种与功能数据库的注释使用方法,包括:NR、...
分析基于已有数据库,没法检测样品中的新基因(不存在于数据库中的基因)。但实际上在宏基因组的研究中,新基因的鉴定争议很大,宏基因组中的新基因的研究价值并不大。 图1 宏基因组分析流程 2.基于组装的宏基因组分析流程 2.1分析流程主要步骤 (1) 数据质控:测序得到的原始数据会存在一定比例的低质量数据,为了保证...
基于reads的功能分析,是我们目前默认的分析流程,分析速度会比基于组装的分析快2-3倍,准确性也更高,有差异基因物种来源分析,可以做EC 酶库注释,Metacyc代谢通路注释,但是没有物种注释和功能注释文件。 基于组装的分析,可以提供物种注释结果文件和功能注释结果文件,但是没有差异基因物种来源分析结果,分析周期比基于reads...
本方法提供了一套一体化的基于Hi‑C技术的微生物宏基因组自动化分析方法和系统，获取了高质量的宏基因组组装结果，实现了Hi‑C互作关系的识别，连接图的构建以及MAGs的聚类；获取了高质量的MAGs用于下游分析；解析了高质量MAGs的物种信息及和已有物种间的进化关系信息，然后通过prokka和七个数据库的功能注释，多...
通过阅读之前的文章,我们已经掌握了宏基因组组装和基因丰度定量的方法,即最终获得了非冗余基因集和基因丰度信息,而在后序的分析之前我们首先要做的便是基于这些信息进行物种与功能注释。本文会介绍一些物种与功能数据库的注释使用方法,包括:NR、Taxonomy、KOfam和eggNOG,阅读完后读者可掌握宏基因组分析中这一承上启下...
基于reads的功能分析,是我们目前默认的分析流程,分析速度会比基于组装的分析快2-3倍,准确性也更高,有差异基因物种来源分析,可以做EC 酶库注释,Metacyc代谢通路注释,但是没有物种注释和功能注释文件。 基于组装的分析,可以提供物种注释结果文件和功能注释结果文件,但是没有差异基因物种来源分析结果,分析周期比基于reads...
金融界2024年10月18日消息,国家知识产权局信息显示,武汉贝纳科技有限公司申请一项名为“一种基于Hi-C的微生物宏基因组测序分析方法和系统”的专利,公开号CN 118782149 A,申请日期为2024年7月。专利摘要显示,本发明公开了一种基于Hi‑C的微生物宏基因组测序分析方法和
宏基因组基于reads和基于组装的分析流程比较 1.基于reads的宏基因组分析流程 1.1分析流程主要步骤(如图1): (1) 数据质控:测序得到的原始数据会存在一定比例的低质量数据,为了保证后续信息分析结果的准确可靠,首先要对原始数据进行质控及宿主过滤,得到有效数据。分析中将使用Cutadapt彻底清除原始数据中的Illumina接头序列,...
通过阅读之前的文章,我们已经掌握了宏基因组组装和基因丰度定量的方法,即最终获得了非冗余基因集和基因丰度信息,而在后序的分析之前我们首先要做的便是基于这些信息进行物种与功能注释。本文会介绍一些物种与功能数据库的注释使用方法,包括:NR、Taxonomy、KOfam和eggNOG,阅读完后读者可掌握宏基因组分析中这一承上启下...