(4) 常用功能数据库注释:从质控以及去除宿主基因的reads出发,使用HUMAnN2软件(基于DIAMOND),将各个样本的reads比对到数据库(UniRef90),根据UniRef90 ID 和各个数据库的对应关系,得到各个功能数据库的注释信息和相对丰度表。 (5) 基于物种丰度表和功能丰度表,可以进行丰度聚类分析,PCoA和NMDS降维分析(仅物种),样品聚...
(4) 常用功能数据库注释:从质控以及去除宿主基因的reads出发,使用HUMAnN2软件(基于DIAMOND),将各个样本的reads比对到数据库(UniRef90),根据UniRef90 ID 和各个数据库的对应关系,得到各个功能数据库的注释信息和相对丰度表。 (5) 基于物种丰度表和功能丰度表,可以进行丰度聚类分析,PCoA和NMDS降维分析(仅物种),样品聚...