图1. 宏基因组二代（医学）reads分析流程图 图2. 宏转录组（医学）reads分析流程图 宏基因组二代（医学）是通过直接从医学样品中提取DNA，利用高通量测序技术对所有微生物的遗传物质进行测序，从而研究微生物群体的组成、多样性及功能。宏转录组（医学）专注于研究特定医学环境下微生物群落的所有mRNA，以揭示其在...
其中,与健康皮肤相比,PASI中度组、重度组、皮损组和非皮损组C. simulans丰度均增加。研究进一步将转录组与皮肤微生物组进行关联,发现C. simulans和C. acnes的丰度与几个中心宿主基因的表达显著相关。 图5 C. simulans在银屑病皮损中富集,并与银屑病发病机制相关的宿主基因相关 5、微生物基因家族分析揭示两种银屑病...
宏转录组(医学)专注于研究特定医学环境下微生物群落的所有mRNA,以揭示其在特定条件下的表达模式。宏基因组二代(医学)和宏转录组(医学)reads分析流程,涵盖物种注释、物种与功能组成分析、样本比较分析、组间比较分析、物种与功能差异分析、环境因子关联分析等多个分析模块,为探索微生物与疾病的相互作用关系提供了新的分...
其中,与健康皮肤相比,PASI中度组、重度组、皮损组和非皮损组C. simulans丰度均增加。研究进一步将转录组与皮肤微生物组进行关联,发现C. simulans和C. acnes的丰度与几个中心宿主基因的表达显著相关。 图5C. simulans在银屑病皮损中富集,并与银屑病发病机制相关的宿主基因相关 5、微生物基因家族分析揭示两种银屑病聚类...
1、研究对3个品种肉牛的瘤胃微生物群进行宏基因组及宏转录组测序,分析了瘤胃微生物组在DNA和RNA水平上的功能类别。 2、对宏基因组和宏转录组功能类别进行了比较,发现在DNA水平上和RNA水平上的功能类别差异较大,在RNA水平上的分析更可以代表瘤胃微生物组与宿主表型表现之间的联系。
宏转录组学分析发现,编码硫化物-醌氧化还原酶(SQR)基因的群落表达量是黄素细胞色素c硫化物脱氢酶亚基B(fccB)的10倍。此外,SQR的表达水平也显著高于编码异化硫酸还原酶的Dsr基因,后者编码一种关键的S0氧化酶。宏基因组分箱分析证实,利用SQR的硫化物氧化细菌(SOB)在微生物群落中很常见,这很可能是高S0产量的原因。产...
微生物在瘤胃消化代谢过程中发挥重要的作用,对牛的饲料转化率有显著影响。然而,肉牛品种对瘤胃微生物群落的影响程度及其与饲料转化率之间的关系尚不清楚。 本研究利用宏基因组学和宏转录组学,对48头三个肉牛品种(安格斯、夏洛来,Kinsella杂交)的饲料转化率(高和低)和瘤胃微生物进行了比较,旨在找出其瘤胃微生物组成...
近日,《生物技术通报》在线发表了题为《复配菌群降解煤产甲烷的宏基因组与宏转录组分析》的研究报告。本文采用沁水盆地东南部煤层气井产出水为菌种来源,以褐煤为碳源富集产甲烷菌群(RI),以菲为碳源富集芳香化合物降解功能菌群,并通过功能菌群与...
【方法】采用宏基因组与宏转录组相结合方 法分析 CM 与 RI 的菌群结构及代谢途径的异同.【结果】复配后菌群的甲烷产量明显提高,增产 114.55%.复配显著提高了芳香 化合物降解菌的占比,如 Pseudomonas 的占比高达 63.49% ;同时提高了优势菌的代谢活性以及芳香化合物代谢途径中各关键酶的 合成和表达.CM 中芳香族...
降解宏基因组是指对一个生态系统中所有微生物的基因组进行分析,这些微生物可能包括细菌、古菌、真菌和原生动物等。通过对这些微生物的基因组进行分析,可以了解它们在特定环境中的功能和相互作用。降解宏基因组的研究通常涉及到从环境样品中提取微生物DNA,然后利用高通量测序技术对其进行测序和分析。这种研究有助于揭示微...