通过单细胞测序,可以对大量细胞进行高分辨率的分析,揭示细胞群体中的细微差异,从而更好地理解细胞的多样性和功能。 孟德尔随机化(Mendelian randomization)是一种利用遗传变异作为自然随机化实验来评估因果关系的方法。这个方法基于孟德尔遗传学原理,即遗传变异与环境因素的分布是独立的。通过利用与感兴趣的暴露因素相关的...
3.结肠癌组织中细胞类型特异性表达的研究作者GEO单细胞RNA-SEQ数据,分析了13种循环蛋白编码基因在结肠癌组织的细胞类型特异性表达。发现12个基因有表达数据,其中6个显示细胞类型特异性富集,如GREM1、MMP2和TIMP2在组织干细胞中富集,而FUT3和CXADR在上皮细胞中富集。正常结肠组织中也有类似发现(图4)。 图4 单细胞...
科学研究当然要Buff叠满!孟德尔随机化+蛋白质组学+单细胞测序,三大流量集聚一堂,生信小白也可马上出师!#科研 #博士 #SCI #生物信息学 #医生, 视频播放量 174、弹幕量 0、点赞数 4、投硬币枚数 0、收藏人数 6、转发人数 2, 视频作者 生信小记者, 作者简介 生信知识分享
通过SMR分析常见变异鉴定的基因和罕见突变影响的基因(通过外显子测序鉴定,FDR < 5%)的表达情况,以测试它们在给定细胞类型中的表达是否显著高于随机选择的背景基因。总共分析了由单细胞eQTL基于SMR鉴定的54个基因和通过外显子测序鉴定的32个基因(附表S3)。使用Polioudakis等人发表的发育中人类皮层的单细胞RNA测序数据,...
2. 单细胞转录组测序联合批量RNA测序,深入机制研究。使用单细胞转录组测序技术分析不同细胞类型的基因表达,深入了解相关基因在脓毒症发展中的功能和调控机制,使用批量RNA测序数据比较基因的表达谱,深入了解基因在不同病理状态下的表达变化。 3. 靶点预测联合分子对接,助力药物开发。通过预测和分子对接方法探索基因作为潜...
IF12.3=蛋白质组+单细胞RNA测序+孟德尔随机化 期刊:Genome Medicine IF:12.3(2023) 单位:浙江大学 本文亮点:采用MR、Bayesian colocalization、SMR、HEIDI等方法进行蛋白质与CRC风险的验证,同时进行单细胞RNA-seq和蛋白质相互作用网络分...
题目:肠道微生物群对脓毒症和脓毒症相关死亡的因果关系:来自全基因组孟德尔随机化、单细胞RNA、批量RNA测序和网络药理学的见解 杂志:Journal of Translational Medicine 影响因子:IF=6.1 研究背景 肠道微生物群的改变与脓毒症和相关的感染性疾病有关,但因果关系和潜在机制仍不清楚。
作者分析了来自12个样本的单细胞RNA测序数据,包括2个健康对照组、6个存活组和4个非存活组的革兰阴性败血症患者的外周血单个核细胞。在使用严格的质量控制指标对数据进行预处理后,作者使用基于前15个主成分的UMAP技术可视化了高维单细胞RNA测序数据。随后,作者成功地将细胞分类为14个亚群,并使用SingleR R软件包将其注释...
文章题目:结合单细胞 RNA 测序和孟德尔随机化,以确定与椎间盘退化中坏死性细胞凋亡相关的生物标志物 研究目的:椎间盘退化 (IDD) 与背痛有关;背痛是导致生活质量差的全球性因素,而坏死性凋亡具有坏死性凋亡和细胞凋亡的特征,然而,它在 IDD 中的作用仍不清楚。因此,本研究的目的是确定与 IDD 坏死性凋亡相关的生物...
19种mRNA对白细胞组分有因果影响,CEBPE对几乎所有白细胞(嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞、粒细胞、单核细胞和中性粒细胞)都有因果影响。共定位分析支持了这些因果效应(PP.H4>0.8) 。 图5 04 讨论和结论 Part Four 作者鉴定了11个lncRNA和175个mRNA在MOD簇中差异表达。lncRNA与MOD簇中差异表达的mRNA之间存在很强的...