免疫细胞高级孟德尔随机化分析思路 自从10月份开始,免疫细胞孟德尔随机化就开始火起来了,人人都想抢发免疫细胞孟德尔随机化,这个出发点是好的,但是由于学习免疫细胞孟德尔随机化的人太多了, 就会出现严重的烂大街、严重… SCI狂人团队 单细胞转录组+孟德尔随机公开数据集发1区 概普生信 炎症生物标志物与精神分裂症的发生风险:一
同时,以往对LFH细胞变化的研究多集中于成肌纤维细胞转化等,对细胞异质性和细胞间通讯的研究有限,而单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的发展为深入研究提供了契机。此外,铁死亡作为一种铁依赖性非凋亡细胞死亡方式,在多种器官纤维化中发挥关键作用,但在LFH中的作用尚未被探索。
文章首先使用基于汇总数据的孟德尔随机化方法(SMR)鉴定精神分裂症风险基因,然后进行了细胞水平和组织水平表达数量性状位点(eQTL)数据的风险基因比较,展示了使用单细胞测序数据的分析可以有效地补充关于精神分裂症风险基因的优势。继而通过表达加权细胞类型富集分析来探索精神分裂症中涉及的脑细胞类型。最后使用STRING构建PPI网络...
一项发表于eBioMedicine期刊的研究,通过单细胞测序和孟德尔随机化(MR)分析,揭示了COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点。研究利用单细胞eQTL(sc-eQTL)和MR结合的方法,从千人基因组计划的单细胞测序数据中筛选出与14种免疫细胞相关的基因表达水平,确定了17,939个有效的eQTL作为MR分析的工具。研究结果发现了132个与...
今天番茄君给大家解析的这篇将孟德尔随机化与“经典生信”整合,也就是单细胞测序以及蛋白组学测序。最常见的MR是与GWAS相结合,实际上,各种基础领域的分子,包括基因表达、蛋白表达、外周血代谢物、非编码RNA等均可以MR分析。本文的思路也非常简单,利用大样本量的公共数据,筛选结直肠癌生物标记物,分析候选蛋白质标记物...
IF12.3=蛋白质组+单细胞RNA测序+孟德尔随机化 期刊:Genome Medicine IF:12.3(2023) 单位:浙江大学 本文亮点:采用MR、Bayesian colocalization、SMR、HEIDI等方法进行蛋白质与CRC风险的验证,同时进行单细胞RNA-seq和蛋白质相互作用网络分...
使用Polioudakis等人发表的发育中人类皮层的单细胞RNA测序数据,作者发现成熟的兴奋性神经元(ExM,P = .008)、迁移的兴奋性神经元(ExN,P = .03)和尾侧神经节突起间质神经元(CGEIn,P = .04)中的精神分裂症风险基因的mRNA水平显著高于随机选择的背景基因水平(图3A),这表明这三种细胞类型参与了精神分裂症的发病...
作者首先应用ECLIPSER方法(详见方法和图1d)对与POAG跨族群、POAG欧洲人和IOP GWAS位点共定位的228、118和279个表达基因进行分析(补充数据1和2),以及来自非疾病人眼中13种组织的单核(sn)RNA测序的细胞类型特异性表达:中央角膜、角膜巩膜楔(CSW)、小梁网状层(TM)包括Schlemm氏管、虹膜、睫状体(CB)、晶状体(所有...
文章题目:结合单细胞 RNA 测序和孟德尔随机化,以确定与椎间盘退化中坏死性细胞凋亡相关的生物标志物 研究目的:椎间盘退化 (IDD) 与背痛有关;背痛是导致生活质量差的全球性因素,而坏死性凋亡具有坏死性凋亡和细胞凋亡的特征,然而,它在 IDD 中的作用仍不清楚。因此,本研究的目的是确定与 IDD 坏死性凋亡相关的生物...
方法通过单细胞转录组测序数据鉴定CRS中的关键细胞亚群。通过高维加权基因共表达网络分析(high dimensional weighted gene co-expression network analysis,hdWGCNA)和多种机器学习算法的联合应用,筛选CRS的关键基因并构建CRS的诊断模型。通过孟德尔随机化和共定位分析进行因果推断分析。使用分子对接技术进行靶点药物的鉴定,并...