孟德尔随机化 单细胞 孟德尔随机化是一种实验设计方法,用于减少实验结果的偏差和提高实验的可靠性。在单细胞实验中,孟德尔随机化可以通过以下步骤实施: 1. 确定实验目的和研究问题:首先需要明确实验的目的和研究问题,例如研究某种药物对单细胞的影响。 2. 设计实验组和对照组:根据研究问题,将实验对象分为实验组和对照...
作者分析了来自12个样本的单细胞RNA测序数据,包括2个健康对照组、6个存活组和4个非存活组的革兰阴性败血症患者的外周血单个核细胞。在使用严格的质量控制指标对数据进行预处理后,作者使用基于前15个主成分的UMAP技术可视化了高维单细胞RNA测序数据。随后,作者成功地将细胞分类为14个亚群,并使用SingleR R软件包将其注释...
作者分析了来自12个样本的scRNA-seq数据,经聚类和细胞注释后,将细胞分为B细胞、单核细胞、T细胞、NK细胞等14个亚型(图5A)。随后分析了11个肠道菌群中与遗传变异相关的基因在细胞中的表达,发现与健康个体相比,脓毒症期间免疫细胞中PLCG2上调,脓毒症期间前B细胞(CD34)中BCL6上调,GMP细胞中IGF2BP2上调(图5B-E...
单细胞测序数据挖掘视频(GEO数据库/scRNA-seq/PCA/ tSNE) 416 -- 0:14 App IF:27.7!无需测序!GEO数据库果然是上分神器!经费不足看过来 1787 1 12:14 App 生信自学网-课程试学-可成药基因孟德尔随机化分析(MR+共定位+分子对接) 2770 -- 12:45 App 生信自学网-课程试学-泛凋亡文章套路视频(细胞凋亡、...
作者注意到,在使用细胞类型eQTL数据进行的SMR中,有17个基因(图2B,ABCB9、ASPHD1、CYP7B1、DDHD2、FAM114A2、GATAD2A、GLT8D1、GNL3、LRRC37A、LRRC37A2、MAPK3、MAPT、NSF、OGFOD2、RERE、RNASEH2C和SLC9B1)也在基于组织总量eQTL数据的SMR中被确定;而有38个基因(图2A)在单细胞数据中具有特异的显著性...
该研究采用MR评估肠道菌群与脓毒症之间的因果关系,整合单细胞转录组学和批量RNA测序技术全面阐明肠道菌群在脓毒症发展中的潜在机制,通过结合肠道菌群的调控机制和现有的药物数据库,识别潜在的治疗药物并进一步验证其有效性和安全性,为脓毒症个体化治疗策略的制定提供了思路,为未来的药物开发提供了初步的候选靶点和药物。
文章首先使用基于汇总数据的孟德尔随机化方法(SMR)鉴定精神分裂症风险基因,然后进行了细胞水平和组织水平表达数量性状位点(eQTL)数据的风险基因比较,展示了使用单细胞测序数据的分析可以有效地补充关于精神分裂症风险基因的优势。继而通过表达加权细胞类型富集分析来探索精神分裂症中涉及的脑细胞类型。最后使用STRING构建PPI网络...
作者首先应用ECLIPSER方法(详见方法和图1d)对与POAG跨族群、POAG欧洲人和IOP GWAS位点共定位的228、118和279个表达基因进行分析(补充数据1和2),以及来自非疾病人眼中13种组织的单核(sn)RNA测序的细胞类型特异性表达:中央角膜、角膜巩膜楔(CSW)、小梁网状层(TM)包括Schlemm氏管、虹膜、睫状体(CB)、晶状体(所有...
MR与单细胞、网药/分子对接相结合提高了思路创新,但并未增加什么工作量,反而使每个部分的分析都变简单了,这样更便于生信小白上手学习!并且这个思路更适合非肿瘤疾病哦,纯生信就发了6分+,性价比也很高,还超级容易复现,你只需要换个国自然热点方向或者换个疾病就又能发一篇,岂不美哉!科研发文很难?有了小云帮忙就...
19种mRNA对白细胞组分有因果影响,CEBPE对几乎所有白细胞(嗜碱性粒细胞、嗜酸性粒细胞、粒细胞、单核细胞和中性粒细胞)都有因果影响。共定位分析支持了这些因果效应(PP.H4>0.8) 。 图5 04 讨论和结论 Part Four 作者鉴定了11个lncRNA和175个mRNA在MOD簇中差异表达。lncRNA与MOD簇中差异表达的mRNA之间存在很强的...