这个方法来自QIAGEN的IPA(Ingenuity Pathway Analysis)。通常,RNAseq分析会用差异表达基因来做通路富集分析。但有时候,我们可能更关注表型为变量的RNAseq数据,或者想进一步探索某个中间变量的作用机制。这时候,IPA的上游调控因子分析就能派上用场了。这个方法可以通过一系列的基因变化来追溯原因,找到可能的上游调节因子。...
1.为何RNA-seq数据要展示Ifna4? RNA-seq数据分析中展示Ifna4,是作为阳性对照。因为STING激动剂刺激细胞后,已知的经典功能是激活IFN信号(IFN相关基因上调),Ifna4作为IFN信号通路重要基因,其上调证明了该测序结果的可靠性。 2.如何从数千个变化的基因中,挑选出IL10和Ebi3作为候选基因? 通过图a我们可以看到,STING激...