RNA-seq的测序数据要向NCBI提交，这里简单总结一下。原始的测序数据(reads) 数据要提交到SRA. RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库，TSA全称TranscriptomeShotgun Assembly Sequence Database，TSA isan archive of computationally assembled sequences from primarydata such as ESTs, traces and NextGen...
如上图所示,检索结果的第一个即为我们要找的lncRNA:ENST00000421648,点击“cDNA seq”,即可进入到该lncRNA详细的序列信息界面: 这个界面即是lncRNA:ENST00000421648在Ensemble里面的序列信息,点击“Download sequence”: 选择“cDNA(transcripts)”,点击“Download”即可获得包含该lncRNA的转录本序列信息文档。 RefSeq来源...
这个方法来自QIAGEN的IPA(Ingenuity Pathway Analysis)。通常,RNAseq分析会用差异表达基因来做通路富集分析。但有时候,我们可能更关注表型为变量的RNAseq数据,或者想进一步探索某个中间变量的作用机制。这时候,IPA的上游调控因子分析就能派上用场了。这个方法可以通过一系列的基因变化来追溯原因,找到可能的上游调节因子。...
通过以上剖析,我们可知组学数据中确定候选基因/靶标常用的两种思路,即1.表达差异显著性(p value or fold chage)+2.表型+已有文献研究结论+差异表达分析.第一种思路根据数据分析结果即可筛选出来,但是第二种思路往往需要做大量的文献调研及关联思考方可选定。具体来说,第二种思路需要根据表型结果,通过文献总结,确定下...
一.根据LncRNA来源数据库,进入相应链接。 1. Genebank:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2. Ensembl:http://asia.ensembl.org/index.html 3. RefSeq:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ 4. UCSC:http://genome.ucsc.edu/ 二.根据“gene_id”查看LncRNA在所属数据库的ID号。
即找到它们在哪些位置上不同或不匹配。这种差异位置的查找在文本比较、版本控制、数据分析等场景中非常有...
先靶向一个重要的蛋白分子,比如信号转导分子、酶类或者转录因子等;或者一个细胞亚结构,如线粒体、外泌体等,通过RIP-seq或者RNA-seq检测其结合的或者包含的RNA,按照富集的倍数和显著性筛选候选RNA分子,后面通过siRNA或者高表达的方法筛选功能RNA。 该策略从课题设计开始就有着明确指向的功能分子机制,在后续的分子...
该策略从课题设计开始就有着明确指向的功能分子机制,在后续的分子机制研究中比较方便展开;但难点是前期如何做好RIP-seq和细胞亚结构的有效分离,这是后续实验可靠性和可行性的重要保障。 两种策略在实验技术上有部分重叠,但也有各自独特的实验技术需求或数据分析策略。不同策略适应于不同的课题和实验室背景,在选择的时...
转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域,你可以做一个chip-seq实验,然后在基因组数据库中定位这些与 如何查看一个lncrna功能? 现在有很多lncRNA的数据库,比如Starbase、Starscan都可以检索lncRNA的功能,并分析靶向关系等,可以根据靶向关系分析其功能。 细胞转染<中科世康>一体化科研服务公司,欢迎咨询。 细胞转染...
如上图所示,检索结果的第一个即为我们要找的lncRNA:ENST00000421648,点击“cDNA seq”,即可进入到该lncRNA详细的序列信息界面: 这个界面即是lncRNA:ENST00000421648在Ensemble里面的序列信息,点击“Download sequence”: 选择“cDNA(transcripts)”,点击“Download”即可获得包含该lncRNA的转录本序列信息文档。