生物信息之多序列比对,进化树分析,保守位点分析 序列下载与整理 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列,比如Syp基因 进入基因详细信息页面 点击Genbank 如图所示可以下载到fasta格式的序列,注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列 假如你希望得到promoter的基因,可以在如图所示的...
里面一小部分内容是关于进化树的可视化展示并且关联多序列比对的结果的。记录下这个代码 我自己的数据是vcf文件,论文中提供的fasta格式的文件 读取vcf文件 library(vcfR) vcf.example<-read.vcfR("popgenome/KiwifruitPathogenFiltered.recode.vcf") df<-vcfR2DNAbin(vcf.example) 1. 2. 3. 4. 做进化树并使用gg...