启动子-增强子环三维结构是指启动子与附近的增强子在三维空间中相互接触形成的复杂结构。这种环状结构在调控基因表达中起着至关重要的作用。 启动子通常位于基因的上游区域,它能够结合转录因子和RNA聚合酶等调节因子,使基因转录开始。而增强子则可以进一步增强启动子的活性,从而促进基因的高效表达。传统上,对于启动子和...
当增强子与启动子形成环连接时，增强子中的转录因子和辅助蛋白可以与启动子区域上的转录因子相互作用，形成一个复杂的调控网络。这种相互作用可以增加区域的开放性，引导转录相关因子的组装和调节蛋白的结合，从而活化基因的转录。具体而言，增强子和启动子之间的环连接可以通过三维染色质结构的调控来实现。在染...
比较启动子-启动子环(P-P)和增强子-启动子环(E-P)两类与转录相关染色质环,研究人员发现增强子锚定的环对RNAPII的降解最为敏感(图2d)。此外,与含有CTCF结合位点的染色质环相比,不含有CTCF结合位点的E-P染色质环几乎完全消失。这种选...
该研究揭示了热激胁迫下,番茄热胁迫转录因子HSFA1a可介导增强子和启动子间的相互作用,改变染色质三维构象。此项研究在植物中首次揭示了转录因子在增强子-启动子染色质成环过程中的关键作用。 除此之外,该研究通过整合分析不同热激条件下(热激0h, 1h, 6h)的ATAC-Seq和ChIP-Seq (H3K4me3, H3K9ac, H3K18ac, H3...
作为增强子的绝缘体,CTCF被认为具有形成染色质环的能力.为了证实是否是所有的CTCF都具有形成染色质环的能力,提出了PC-Loop预测CTCF-mediated的染色质环,该框架我们也尝试使用实验一里提取特征的方法进行预测染色质环,并且对比了Lollipop方法,实验结果表明,我们提出的提取特征的方法对于区分增强子-启动子互作和染色质环是...