经典的环模型 (我们统称为结构桥模型) 将这些增强子-启动子相互作用描述为一个物理桥梁，通过这个物理桥梁，增强子和启动子可以通过转录因子、RNA聚合酶II (Pol II)、介质、内聚蛋白和其他蛋白质和复合物之间高度刻板的蛋白质-蛋白质相互作用连接起来。事实上，基于染色体构象捕获 (3C) 的方法，如原位Hi-C和Micro-C...
启动子-增强子环三维结构是指启动子与附近的增强子在三维空间中相互接触形成的复杂结构。这种环状结构在调控基因表达中起着至关重要的作用。 启动子通常位于基因的上游区域,它能够结合转录因子和RNA聚合酶等调节因子,使基因转录开始。而增强子则可以进一步增强启动子的活性,从而促进基因的高效表达。传统上,对于启动子和...
因此,增强子精准匹配其靶标启动子,并且避免脱靶效应的机制,是基因调控网络研究的重中之重【1,2】。在CTCF结合靠近特定启动子的时候,通过黏连蛋白复合物(cohesin complex)以及CTCF联合作用所形成的基因组折叠可以有效促进招募对应增强子【3-7】。CTCF还可以抑...
当增强子与启动子形成环连接时，增强子中的转录因子和辅助蛋白可以与启动子区域上的转录因子相互作用，形成一个复杂的调控网络。这种相互作用可以增加区域的开放性，引导转录相关因子的组装和调节蛋白的结合，从而活化基因的转录。具体而言，增强子和启动子之间的环连接可以通过三维染色质结构的调控来实现。在染...
ERR模型为启动子区域及其附近的遗传突变的致病机制提供了新的解释。高分辨率的染色质结构数据表明，增强子与启动子往往形成很小尺度的环，一般距离10-50Kb【1,2】。大多数增强子只调控短距离范围内的一个靶基因【3】。每一个细胞类型内都有上千至上万个增强子和启动子，但增强子如何选择配对的启动子并启动基因转录这...
Micro-C是一种Hi-C技术上的改进,其利用微球菌核酸酶(MNase)来处理染色质进行片段化,并可以鉴定染色体上成千上万个能够调控转录的染色质环。研究人员在二倍体人类细胞系快速降解RNAPII后,利用Micro-C检测到数千个转录相关(启动子为锚定...
首先,作者研究CTCF介导的环如何促进以及规范增强子-启动子相互作用。SOX2是调节胚胎发育和诱导多能干细胞生成的一个不可或缺的因子。它也在神经干细胞和祖细胞中表达。胚胎干细胞中超过95%的Sox2表达是由Sox2调控区域(Sox2control region,简称SCR)所介导,这一区域位于Sox2下游100kb处一组12kb增强子簇,并在多能干细胞...
内含子是没有编码作用的片段。3️⃣ 增强子:增强子是 DNA 上的一小段区域,可以与蛋白质结合。结合后,基因的转录作用会加强。增强子可能位于基因的上游或下游,通常位于转录起始位点上游大约100个碱基以外。4️⃣ 启动子:启动子是特定基因转录的 DNA 区域,位于基因的转录起始位点5'端上游。启动子长约100-1000...
染色体构象捕获实验发现增强子与启动子相互作用主要发生在TADs之中，TADs的形成来自于DNA结合蛋白CTCF作为内聚蛋白的环挤压活性。TAD边界和CTCF环形成有利于特定基因组区域内增强子与启动子之间的相互作用，但是不利于周围序列的“通讯”，因而形成了屏障作用。但是最近这一观点受到了挑战，因为研究表明TAD边界的破坏或者是...
假设染色体上这个紫色区域就是一个基因,这个基因左边是它的基因的启动子promoter,在这个基因的上游区域或者下游区域会存在增强子即enhancer,这个染色体的这个凸环就是靠这个增强子和启动子之间的关联而形成的,一旦形成了这种折叠染色体凸环,增强子和启动子之间的距离就被拉进。它们又是如何保持这种结构关系的呢?这两个...