使用R语言中的biomaRt和org.Hs.eg.db库,我们可以很方便地实现这一转换过程。
下载到的GSE213001_Entrez-IDs-Lung-IPF-GRCh38-p12-logRPKMs-normalised.csv为例 (肺纤维化患者与健康人的Bulk tissue RNA-seq),利用R语言的biomaRt 包将ensemble ID转换Gene name (Symbol)。 原始数据,只有Ensemble ID 一、biomaRt 包的安装 直接安装biomaRt 包会提示报错: 首先需要下载与R版本对应的Rtools (...
ensembl biomart自己下载所有关联列表。用表格直接对就好。
下载到的GSE213001_Entrez-IDs-Lung-IPF-GRCh38-p12-logRPKMs-normalised.csv为例 (肺纤维化患者与健康人的Bulk tissue RNA-seq),利用R语言的biomaRt 包将ensemble ID转换Gene name (Symbol)。 原始数据,只有Ensemble ID 一、biomaRt 包的安装 直接安装biomaRt 包会提示报错: ...