基因转录调控网络是由多个调控元件和调控因素组成的一个信号级联体系,是对基因表达过程进行深度和精细调控的体现。调控网络的特点主要体现在如下几个方面: 1、分层次性 调控网络分为三层:转录因子层、底物层和基因层。在转录因子层,各种转录因子会结合在DNA上,形成成活跃的细胞核体。而在底物层,各种化学分子和离子会...
1.转录因子:转录因子是基因调控网络中的主要调节分子,可以通过与DNA序列特异性结合,影响RNA聚合酶的结合以及启动转录的过程。转录因子的丰富多样性赋予了基因调控网络良好的灵活性和可塑性。 2.组蛋白修饰:组蛋白是染色质的主要组成部分,通过组蛋白修饰如甲基化、乙酰化等可以改变染色质的结构和活性。这些修饰可以影响...
单细胞调控网络推理与聚类分析(single-cell regulatory network inference and clustering, SCENIC)是单细胞转录因子的分析方法,输入单细胞基因表达量矩阵后,首先使用基因表达量构建TF与靶基因的调控网络,同时计算每个TF与gene之间的得分,根据得分过滤掉一些得分较低的模块,生成推测的TF-gene共表达网络;然后基于gene-motif...
TF通过结合调控基因组区域来协调目标基因的时空表达。全基因组范围内对大豆TFBS的解析对于阐明调控复杂农艺性状的转录网络至关重要。 近日,南京农业大学宋庆鑫团队与中国农业科学院油料作物研究所曹东团队合作在Genome Biology杂志发表了题为Transcriptional regulatory network reveals key transcription factors for regulating a...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术使得在单细胞分辨率下测量和比较基因转录组谱成为可能。基于scRNA-seq数据,可以识别具有不同功能的新细胞类型,并可以追踪分化过程中的细胞谱系。许多研究都专注于开发用于scRNA-seq数据分析的准确和稳健的计算方法,其中一...
一、基因转录调控网络的建立 基因转录调控网络的建立需要大量的生物信息学和转录组学技术,其中包括基因芯片、RNA-Seq测序、Motif分析、TFBS预测等方法。通过这些技术,可以在细胞中鉴定出调控因子、miRNA和靶基因等信息,然后进行大规模的数据挖掘和分析,最终构建出基因转录调控网络。 在基因转录调控网络的构建中,还需要考虑...
基因转录调控网络的构建主要依赖于高通量表达数据、染色质免疫沉淀、DNA甲基化和染色质构象等多种实验手段。其中,高通量表达数据是基因转录调控网络构建的重要数据来源。常用的高通量表达数据包括转录组、蛋白质组和代谢组。转录组数据可以识别细胞内自发性和诱导性转录的基因,从而确定调控的方向和机制。蛋白质组数据可以...
WGCNA ,全称为weighted gene co-expression network analysis,即加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module),并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系,以及网络中的核心基因。 WGCNA分析基于两个假设: 相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路; ...
-, 视频播放量 8、弹幕量 0、点赞数 0、投硬币枚数 0、收藏人数 0、转发人数 0, 视频作者 简芥领客程, 作者简介 课嘉卫星shykk66,相关视频:749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论区为新物种赋名 #ai #749局,749局基因融合实验 评论
转录组分析神器:轻松搞定基因调控网络! 在进行转录组分析时,我们经常想要深入了解一些关键转录因子(TF)的基因调控网络。🧬🧬 最近,我发现了一个非常方便的工具——RTN,专门用于此类分析。它的使用步骤非常简单明了(具体教程请参考图二),并且结果符合生物学逻辑。👏👏 图一展示了我的实际案例。👌🏻👌🏻...