因为做了太多次差异分析, 发现了固定阈值确定统计学上下调差异表达基因的弊端,所以在某个时间段(大约是七八年前),因为客户要求差异基因数量的200个到500个,如果人类基因数量是2万,那就是 1%到2.5%,我提出来了自定义动态阈值的理念,就是 |logFC| > [mean(|logFC|) + 2sd(|logFC|)] ...
差异表达基因分析趋势性上调和下调基因分析基因集功模板 16、云无心以出岫，鸟倦飞而知还。17、童孺纵行歌，斑白欢游诣。18、福不虚至，祸不易来。19、久在樊笼里，复得返自然。20、羁鸟恋旧林，池鱼思故渊。66、节制使快乐增加并使享受加强。——德谟克利特67、今天应做的事没有做，明天再早也是耽误了。
1.转录组2.高通量测序3.转录组数据分析4.差异表达基因分析5.趋势性上调和下调基因分析6.基因集功能富集分析 1.1transcriptome 转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态或某一生理条件下，细胞内所有基因转录产物的总和，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。从RNA...
1、 1.转录组转录组 2.高通量测序高通量测序 3.转录组数据分析转录组数据分析 4.差异表达基因分析差异表达基因分析 5.趋势性上调和下调基因分析趋势性上调和下调基因分析 6.基因集功能富集分析基因集功能富集分析 1.1transcriptome 转录组(transcriptome)是指特定生物体在某种状态或某一生 理条件下,细胞内所有基因...
差异表达基因分析趋势性上调和下调基因分析基因集功讲解.ppt,超几何分布: Fisher精确检验: Pathway 分析对实验结果有提示的作用,通过差异基因的Pathway 分析,可以找到富集差异基因的Pathway 条目,寻找不同样品的差异基因可能和哪些细胞通路的改变有关。 与GO 分析不同
1. DEGs的鉴定和通路富集分析 对OCCC和HGSC患者肿瘤组织中的不同细胞类型进行无监督的亚聚类分析,确定了8个上皮亚群(图1A)。每个亚群的比例及差异表达基因(DEGs)分析显示, OCCC中被划分为Cluster 4的细胞较多,且主要表达MUC1、FGF7和LEFTY1;而 Cluster 7细胞较少,其高表达细胞周期相关基因(图1B-C)。细胞周期...
差异表达基因分析趋势性上调与下调基因分析基因集功模板.ppt,1.转录组 2高通量测序 ·3.转录组数据分析 4.差异表达基因分析 ·5趋势性上调和下调基因分析 6.基因集功能富集分析 1. 1 transcriptome 转录组( transcriptome)是指特定生物体在某种状态或某一生 理条件下,细胞内
1、组织取样是否是某些功能性组织，因此基因表达过程存在特异性？2、抑制量高于表达量，是否是数据污染，...
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干旱胁迫下水稻耐旱关键基因差异性表达及功能分析.doc,PAGE 干旱胁迫下水稻耐旱关键基因差异性表达及功能分析 摘要 水稻是世界最主要粮食作物之一。本研究以中旱3号(耐旱水稻品种)和矮仔占(干旱敏感水稻品种)为材料,采用基因芯片和实时荧光定量PCR技术,分析了水稻叶片中不