120秒带你快速了解基因组Denovo——第三期:Hi-C辅助组装,探究三维基因组奥秘 02:15 120秒带你快速了解基因组Denovo--第4期:揭开基因组注释的面纱 03:09 “基因大冒险,谁才是 DNA 之王?“带你走进比较基因组学的世界,揭示物种间的相似与差异,感受基因的力量。让我们一起开启这场奇妙的基因之旅,快来转发...
(1)组装软件1采用的是SOAPdenovo2,可在github上下载,下载完成后完成后传到服务器。 https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2 #注:不要去下release里面的(有bug,最大只支持63mer),把整个clone下来即可。 unzip SOAPdenovo2-master.zip cd SOAPdenovo2-master/ make 编译完成后生成三个可执行文件。 第一...
并进行初步组装,从初步组装的 Contig 的 GC 分布图上,判断该物种是否有污染等信息,从而为后续组装策略的制定提供可靠的依据。 获取基因组大小 基因组大小的获取关系到对以后组装结果的大小的正确与否判断;基因组太大(>10Gb),超出了目前denovo组装基因组软件的对机器内存的要求,从客观条件上讲是无法实现组装的。查询...
1. 基因组组装 2. 基于De-Bruijn Graph的组装算法 3. 安装和使用说明 3.1 安装 3.2 使用说明 3.3. 软件运行前准备工作-配置文件 4.2 准备配置文件 4.3 运行命令 4.4 输出结果 4.5 从sixoclock下载soapdenovo2 面向未来生物医疗数据挖掘应用场景下,如何实现数据计算或挖掘的 可扩展性,可重用性,可视性,伸缩性,...
215-基因组拼接:SOAPdenovo拼接基因组, 视频播放量 786、弹幕量 0、点赞数 8、投硬币枚数 0、收藏人数 8、转发人数 0, 视频作者 基因学苑, 作者简介 学生物信息,选基因学苑,相关视频:208-基因组拼接:了解基因组拼接,210-基因组拼接:kmer估计基因组大小原理,217-基因
三代测序仪：Pacbio RSⅡ 或 Pacbio Sequel 组装分析软件：Falcon 方法/步骤 1 一、技术路线 2 二、生物信息分析1. 原始数据质量评估 2. 基因组组装 3. 基因组注释 4. 进化分析 5. 重测序或转录组联合分析 3 三、结果展示 1.软件使用 FALCON HGAP（Hierachical Genome Assmebly ...
一、flye组装基因组 flye 软件支持CLR、HiFi 和nanopore 数据输入。 软件主页:https://github.com/fenderglass/Flye 1#安装flye ## 手动安装 git clone https://github.com/fenderglass/Flye cd Flye make ## 自动安装 conda install flye 2#用flye进行初步组装 ...
组装方法分为基于参考基因组的组装（Mapping assembly）和从头组装（denovo assembly）两大类。denovo组装不依赖任何已知的基因组参考序列信息，直接从原始序列进行拼接。主流算法包括OLC方法与DBG方法，其中DBG方法通过构建De-Bruijn图，实现高效、准确的序列组装。2. 基于De-Bruijn Graph的组装算法 以下是...
微生物基因组denovo测序分析流程流程大放送微生物基因组denovo测序分析知因无限一介绍微生物基因组denovo测序分析也叫微生物基因组从头测序分析指不依赖于任何参考序列信息就可对某个微生物进行分析的测序分析技术用生物信息学的方法进行序列拼接获得该物种的基因组序列图谱然后进行注释等后续一系列的分析 #流程大放送#微...