第一步非常简单,method = 'square'表示使用正方形符号或者"circle"表示使用圆形的符号,type = 'upper'表示只画上三角区域, "lower"表示显示右下角部分,"full"表示显示全部的相关性热点图。除此之外的其它参数几乎不用管 library(corrplot)par(omi = c(0.3, 0.3, 0.3, 0.3),cex = 1.2,family = 'Arial') ...
怎样计算基因和mirna的相关性并绘制热图 有点复杂的。microRNA直接调节基因的表达，而生产相关疾病。microRNA检测方面现在实时定量PCR比较常规，QANGEN可以买到相应的试剂盒。临床样本处理好后，抽提RNA，再针对基因设计引物，进行PCR条件优化与上机分析，参照内参就成分析数据了。microRNA研究还有RNAi，可以通过...
R语言绘图大全2 | TCGA\GEO\ArrayExpress数据库数据挖掘。 多数据集合并、差异分析、WGCNA、Cor相关性分析、cox生存分析、GO/KEGG富集分析、GSEA富集分析、LASSO回归分析、ssGSEA分析、免疫浸润、无监督聚类、ceRNA网络、靶基因预测、临床模型构建、列线图绘制。
第一步非常简单,method = 'square'表示使用正方形符号或者"circle"表示使用圆形的符号,type = 'upper'表示只画上三角区域, "lower"表示显示右下角部分,"full"表示显示全部的相关性热点图。除此之外的其它参数几乎不用管 library(corrplot)par(omi = c(0.3, 0.3, 0.3, 0.3),cex = 1.2,family = 'Arial') ...
“假轮子”造了两天,基本重现了corrplot包中的相关系数热图,问题也解决了,一个偶然的机会想起问下原包作者魏大佬怎么定义坐标的,他让我用text(1:n, 1:n, 1:n)测试下,这才恍然大悟我前面的方法多么愚蠢。 原图结构 画比较复杂的图之前,要尝试图分解成比较简单的块,然后分别绘制。从原图我们很容易发现,主要有...