以基因表达水平之间的相关性为例,R版本R 4.2.2。 读取数据,命名为td: td <-read.table("testdata.txt", header=T) 看一下数据结构: 每个基因为1列,一共10个基因。 class(td) 显示为data.frame格式。 1.方法1:corrplot绘制相关性热图 library(corrplot) 1.1 计算相关系数 cor (td, method="pearson") ...
Sunagawa, S., Coelho, L. P., Chaffron, S., Kultima, J. R., Labadie, K., Salazar, G., ... & Velayoudon, D. (2015). Structure and function of the global ocean microbiome.Science,348(6237), 1261359. 其实这类相关性热图是使用R语言的ggcorrplot或corrplot包绘制的。能调整多种样式,你...
准备工作:首先准备好需要绘制的相关性数据。 安装ggcor包:使用devtools::install_github("Github-Yilei/ggcor")命令安装ggcor包。 加载数据:使用read.csv()函数加载数据到R中。 绘制热图:使用ggcor包中的相关函数绘制热图。 调整参数:根据需要调整热图的参数,如颜色、大小等。 保存图形:将绘制好的热图保存为图片文...
r描述的是两个变量间线性相关强弱的程度。r的绝对值越大表明相关性越强。r的取值在-1与+1之间,若r>0,表明两个变量是正相关,即一个变量的值越大,另一个变量的值也会越大;若r<0,表明两个变量是负相关,即一个变量的值越大另一个变量的值反而会越小。r 的绝对值越大表明相关性越强,要注意的是这里并...
r语言绘制相关性热图 文心快码BaiduComate 在R语言中绘制相关性热图是一个常见的数据可视化任务,它可以帮助我们直观地理解变量之间的相关性。以下是详细的步骤和代码示例,用于在R中绘制相关性热图: 1. 准备相关性数据 首先,我们需要有一个数据集,并计算变量之间的相关性矩阵。这里我们使用R自带的mtcars数据集作为示例...
R绘制箱线图详细过程(包括选择配色,整体和多组间显著性检验,多张图片的组合等步骤)//以α多样性指数为例 5349 1 04:49 App e嘉医 | R语言绘图小案例:利用corrplot包进行相关性分析可视化(一) 344.0万 6.6万 12:45:42 百万播放 App R语言入门与数据分析 2.8万 7 05:26 App R语言pheatmap包绘制热图 75...
-, 视频播放量 1210、弹幕量 0、点赞数 17、投硬币枚数 4、收藏人数 49、转发人数 1, 视频作者 R语言分析作图, 作者简介 励志让所有R语言零基础的人,都可以轻松用R语言做科研图。欢迎想交流的教授或同学加V,相关视频:R语言保姆级课程/相关性热图第一课,R语言保姆级课程/
相关性热图在很多文章中都有出现,一般都是使用R语言进行绘制。在origin中也可以进行同样的绘制,详细过程如下: 实例解读 这个数据是来源于R中的一个汽车相关的数据库,例如有关hp(马力)和disp(距离)这类性质。在该图第一行第一列的蓝色方框表示汽车的“mpg”属性和“mpg属性”之间的相关性为1,用蓝色和最大的方框...
ggplot2绘制组内相关性热图 corr.test( )会同时计算p值与相关性系数,通过for循环将p值转化为* library("reshape")library("psych")p<-corr.test(mtcars,method="pearson",adjust="fdr")cor<-p$r pvalue<-p$p display<-pvalue l1<-nrow(display)l2<-ncol(display)for(iin1:l1){for(kin1:l2){a<-...
也可以选择单独输出相关系数或P值: res2$r res2$P 通过sig.level = 0.05可以对corrplot()绘图的点进行选择,仅保留有显著相关性的数据对,insig = "blank"则规定无显著相关的数据对显示为空白。 corrplot(res2$r, type="upper", p.mat = res2$P, sig.level = 0.05, insig = "blank") 通过colorRamp...