在这个数据库,我们输入Cell Cycle即可获得符合检索条件的通路,进一步的我们可以看到这个通路内都有哪些基因。 就这样,我们就获得了目标通路的所有基因了。 2.2 蛋白相互作用分析 在我们获得基因之后,最基本的相互作用分析,能想到的就是我们之前介绍的蛋白相互所有分析(PPI),我们可以把获得的基因内的所有基因以及目标基因...
确定肿瘤的level;最后在所有样本中通过GSVA 包z-score方法计算致癌通路以及感兴趣基因集富集得分,是由z-score算法下的单样本富集得到,这就是大概的分析流程,其实看起来不太难的奥,话不多说,赶紧跟着小云开始今天的实操呀!
这篇文章的亮点之一就在于基于 基于“T细胞介导肿瘤杀伤”相关基因进行分析,对疾病进行分型。另外富集分析发现代谢相关通路显著富集,所以亮点二是基于代谢对疾病进行了分型,还分析了免疫亚型、代谢亚型和Cluster 1/2之间的相关性,揭示了TKK与免疫和代谢的相互作用。亮点三就是分析信号通路的方法具有针对性。
XX基因通常可以通过高通量技术筛选来获得,筛选到候选XX基因是课题迈出成功的第一步。接下来的功能研究通常选择与疾病相关动物和细胞模型,采用gain/lost of function策略,确证XX基因在ZZ疾病表型中的作用。最后的分子机制研究中,YY通路的确定也很关键,常规做法是通过文献调研查找与ZZ疾病相关的明星信号通路,并通过实验手段...
2.1 查询通路内的基因 我们可以通过KEGG等通路数据库来查询某一个通路内的基因都有哪些。这里我们推荐另外一个通路查询数据库: PathCards(https://pathcards.genecards.org/)。这个数据库和我们刚刚提到的genecards是一个机构的。这个数据库汇总了KEGG等多个数据库的一个综合性通路查询数据库。
2.1 查询通路内的基因 我们可以通过KEGG等通路数据库来查询某一个通路内的基因都有哪些。这里我们推荐另外一个通路查询数据库: PathCards(https://pathcards.genecards.org/)。这个数据库和我们刚刚提到的genecards是一个机构的。这个数据库汇总了KEGG等多个数据库的一个综合性通路查询数据库。
我们可以通过KEGG等通路数据库来查询某一个通路内的基因都有哪些。这里我们推荐另外一个通路查询数据库: PathCards(https://pathcards.genecards.org/)。这个数据库和我们刚刚提到的genecards是一个机构的。这个数据库汇总了KEGG等多个数据库的一个综合性通路查询数据库。