另外VAG所支持的图形泛基因组可通过minigraph、cactus等工具进行构建,构建工具生成的GFA文件(需要有特定的参考基因组主线;部分情况下需排序至S行与对应P行交错)需进一步通过gfatools转为Fasta格式文件。 Window下exe版本 随着VAG进一步的成熟,我们为了进一步扩大用户的应用平台,推出了window版本的VAG,且界面进一步优化,目前...
VAG是一个新的生物信息学平台,基于图的泛基因组数据集上,通过允许更快和直观地可视化read比对来增强科学界对复杂的基于图的泛基因组的理解。 VAG的主要功能如下: 图泛基因组浏览器 这是一个以图形泛基因组作为参考的基因组比对的浏览器,提供从区间提取,到read比对,read coverage,区间(基因/TE)注释,变异可视化等...
这是一个以图形泛基因组作为参考的基因组比对的浏览器,提供从区间提取到可视化的一站式服务。还支持利用Pair-end信息过滤False-Positive tracks or Segements in Graph(其实就是是提供reliable比对区间的参考的意思)。 1674462209256.jpg 针对现在比较多图形泛基因组都会做群体PAV的一个分型,我们也集成些方法能够将群体...