诺禾致源持续发展面向重要农业动植物生物育种的基因组学关键技术,经过对多款软件的全流程开发,现已搭建成熟图形泛基因组流程,可全面鉴定SNP、INDEL、SV、PAV等各种类型变异,并基于图形泛基因组进行基因分型,能够完善线性基因组、更加高效的关联重要农艺性状、提高小片段数据比对率。其中,深入研发基因组大结构变异(SV)...
我们首先总结了基于图形的泛基因组构建方法(图1),然后讨论了基于图形的泛基因组基因结构和变异的注释。最后,我们描述了现有基于图形的泛基因组的规模和与基因组范围关联分析(GWAS)相结合的应用示例,并预计在未来植物育种中进一步应用基于图形的泛基因组。 泛基因组构建方法可分为线性泛基因组和基于图形的泛基因组方法...
近日,以“图泛基因组在作物种质资源挖掘利用中的作用”为主题的学术晚茶活动在第一综合楼A206举行。生命科学技术学院特邀中国农业科学院贺强研究员与生科学子们共同探讨图泛基因组在发掘优良品质种质资源中的意义。 学术晚茶 图泛基因组 贺强研究...
一株小草牵动着国家粮食安全。3月3日，四川农业大学草业科技学院教授黄琳凯团队在国际知名学术期刊《自然遗传学》发表了题为《美洲狼尾草泛基因组构建、结构变异挖掘及耐热机制解析》的研究成果，这也是全球首个牧草领域图形泛基因组。该研究成果加速攻关牧草业各环节“卡脖子”技术，选育出适合我国种植的优良牧草品种，...
我们特别在基因组大结构变异（SV）检测方面进行了深入研究，并将其成功应用于重要农业种质资源的农艺性状调控机制研究。相关研究结果，如狼尾草和大豆的泛基因组研究，已与高水平合作伙伴共同发表在《Nature Genetics》期刊上，为育种工作提供了有力的支持。图4展示了图形泛基因组的可视化特点，能够进行局部展示，便于深入...
泛基因组（pangenome）进一步借助图论的思想和计算技术，将人类多个族群的代表性样本的具有多样性的基因序列以多维图谱形式组装起来，形成一个能充分反映种群基因组结构变异多样性的导航图，从而指导进一步的遗传学和医学研究。随着dna测序和基因组组装技术以及计算分析方法的大幅改进，富含个体遗传多样性信息的图泛基因组...
图形泛基因组可以图的形式存储一个物种的所有遗传信息，构建图形泛基因组的方法可分为两种，一种是根据参考基因组鉴定遗传变异，存储在VCF文件中，然后将VCF中的变异信息添加到线性基因组中（图2 A，表1），利用该方法的软件主要有vg和SevenBridges。另一种基于基因组比对的方法，可以通过将所有组装基因组与参考基因...
“美洲狼尾草图形泛基因组”是四川农业大学草业科技学院黄琳凯教授团队构建的全球首个牧草领域图形泛基因组。发展历史 2019年，黄琳凯教授团队首次公布了鸭茅的高质量参考基因组，是中国公布的首个牧草参考基因组。随着研究的深入以及技术的进步，构建高质量的图形泛基因组成为黄琳凯教授团队的重要目标。2023年3月3日，这一...
北京时间3月3日，四川农业大学草业科技学院黄琳凯教授团队在国际权威学术期刊《自然遗传学》（Nature Genetics）在线发表了题为“Pangenomics identifies structural variation associated with heat tolerance in pearl millet”（美洲狼尾草泛基因组构建、结构变异挖掘及耐热机制解析）的研究成果。该研究构建了首个美洲狼尾草...