1、单基因表达量分布umap图 NKG7基因在分群图中表达情况分布(左:0值为灰色,右:0值为蓝色)。颜色深浅表示表达值的高低。 2、单基因表达密度分布umap图 NKG7基因在分群图中表达密度分布(左右为不同色板展示结果)。颜色深浅表示密度高低。 3、多基因表达密度分布umap图 IL7R和CCR7基因在分群图中表达密度分布。颜色...
单细胞基因可视化之UMAP图修饰 这里对于可视化进行一点补充。 1、密度图 Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包,用于可视化单个细胞的数据。做密度图可视化的一个重要的作用是,可以筛选鉴定某些基因双阳的细胞群。可以看到,我们能够看到CD4阳性的细胞、CD8阳性的细胞,还能显示双阳的细胞在哪,可以说是对seurat的一个拓展...
本研究通过单细胞基因表达量UMAP图展示,深入研究了NKG7、IL7R、CCR7、MS4A1和GZMB等基因在分群图中的表达情况。其中,NKG7基因在分群图中表达情况分布,颜色深浅表示表达值的高低;IL7R和CCR7基因在分群图中表达密度分布,颜色深浅表示密度高低;MS4A1和GZMB基因在分群图中表达密度分布,颜色深浅表示密度高低。此外,本研究...
UMAP密度图显示了与细胞注释相对应的典型标记基因的清晰定位(图4b)。值得注意的是,KRT17(basal:基础)和TFF3(classical:经典)标志物的表达严格分离到肿瘤簇中。使用 pseudobulk 的上皮分析确定了基础型或经典表型的患者,在某些情况下,在同一患者的组织中检测到了两者,证实了最近的PDAC类器官亚型二分法的工作研究(图4c)...
单细胞基因可视化之UMAP图修饰 这里对于可视化进行一点补充。 1、密度图 Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包,用于可视化单个细胞的数据。做密度图可视化的一个重要的作用是,可以筛选鉴定某些基因双阳的细胞群。可以看到,我们能够看到CD4阳性的细胞、CD8阳性的细胞,还能显示双阳的细胞在哪,可以说是对seurat的一个拓展...
单细胞基因可视化之UMAP图修饰 这里对于可视化进行一点补充。 1、密度图 Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包,用于可视化单个细胞的数据。做密度图可视化的一个重要的作用是,可以筛选鉴定某些基因双阳的细胞群。可以看到,我们能够看到CD4阳性的细胞、CD8阳性的细胞,还能显示双阳的细胞在哪,可以说是对seurat的一个拓展...
我们先来看一下第一种风格的单细胞等高线图 #横 轴是UMAP_1,纵 轴是UMAP_2,点的颜色根据cluster来设定ggplot(data)+geom_point(aes(x=UMAP_1,y=UMAP_2,color=cluster))+geom_density_2d(aes(x=UMAP_1,y=UMAP_2))+#绘制密度曲线,也就是等高线theme_bw()+#黑白背景#避免等高线超出绘图区域,调节一下...
dim = "UMAP", size =1, ncol =2) image.png 具体函数如下: KS_plot_density<-function(obj,#单细胞seurat对象 marker,#需要展示的marker基因 dim=c("TSNE","UMAP"),size,#点的大小 ncol=NULL#多个marker基因表达图排序){require(ggplot2)require(ggrastr)require(Seurat)cold<-colorRampPalette(c('#f7...
UMAP密度图显示了与细胞注释相对应的典型标记基因的清晰定位(图4b)。值得注意的是,KRT17(basal:基础)和TFF3(classical:经典)标志物的表达严格分离到肿瘤簇中。使用 pseudobulk 的上皮分析确定了基础型或经典表型的患者,在某些情况下,在同一患者的组织中检测到了两者,证实了最近的PDAC类器官亚型二分法的工作研究(图4c...