使用scRNA-seq数据(38,149个细胞)进行UMAP降维和嵌入,揭示每个时间点不同的种群,比对参考基因组和分析标记基因的表达来进行细胞群注释。数据集中所代表的细胞涵盖了从第5天早期多能阶段到第15天分层神经上皮的转变,祖细胞在第35-60天之间分化为视网膜和大脑区域身份(端脑、间脑和非端脑)(图1b,c)。脑区特异性和...
结果证明,在没有AD病理的情况下,与年龄相关的APOE表达增加,为E4小胶质细胞特有。 图4 a:APOE在整个生命周期内在整个脑组织中的表达;b:UMAP显示APOE在所有细胞类型中的表达;c-e:在可检测水平表达APOE的9954个细胞统计;f:CellChat分析结果,Circos图显示显着的APOE受体相互作用。星形胶质细胞(底部,蓝色)表达大部分AP...
通过与巨噬细胞(MΦ)、中性粒细胞(PMNs)和髓源性抑制细胞(G-MDSCs)的共培养,研究揭示了生物膜在不同免疫细胞压力下的特异性转录适应机制。UMAP聚类分析表明,不同免疫细胞诱导的生物膜转录群体具有显著差异,反映了其对免疫挑战的差异性反应。此外,毒力、应激反应及代谢相关的转录调控网络在不同免疫环境下的变化为...
e, UMAP图显示了bcl3和pou2af1基因在B细胞中的表达(上)以及相应的转录因子估计的调控活性的AUC,预测其靶基因的表达调控程度(下)。 f, Heatmap显示转录因子(调控活性)的AUC评分,使用SCENIC进行估计,然后使用thet-test进行两组间的...
接着,髓系细胞的UMAP图鉴定出9个细胞亚型,分别包括3个树突状细胞(DC)亚型,Ear2+中性粒细胞,Cxcr2+中性粒细胞,Ly6c2+单核细胞,ARG1+巨噬细胞,TREM2+巨噬细胞和CD81+常驻巨噬细胞。GSVA分析显示,Ly6c2+单核细胞和Cxcr2+中性粒...
这些急性髓系白血病细胞簇具有患者特异性,反映了急性髓系白血病细胞之间的异质性(图1c)。UMAP分析显示,三个典型急性髓系白血病细胞簇在Dx样本中过度表达,EOI样本中有更多的分化细胞(图1d)。 图1 单细胞转录组识别AML中异质性的急性髓系白血病细胞簇 3. AML急性髓系白血病细胞特征的鉴定...
为了克服这一难题,引入了非线性降维技术。在单细胞RNA测序数据分析中,最常使用的非线性降维方法包括t分布随机邻域嵌入(t-SNE)和均匀流形近似与投影(UMAP)。这两种方法都旨在将样本放置在低维空间(2D/3D)中,以便在低维空间中尽可能保留原始空间中样本(此处指细胞)之间的距离或邻域关系。
UMAP是一种基于图的非线性维度技术,主要类似于t-SNE。它构建数据集的高维图表示,并优化低维图表示,使其在结构上尽可能与原始图相似。 我们首先计算 PCA,然后计算数据的邻域图。 sc.pp.neighbors(adata)sc.tl.umap(adata) sc.pl.umap(adata, color="total_counts") ...
UMAP 我们现在可以清楚地检查不同分辨率对聚类结果的影响。对于0.25的分辨率,聚类更加粗糙,算法检测到的社区也更少。此外,与分辨率为1.0 时获得的聚类相比,聚类区域的密度较低。 我们想再次强调,必须谨慎解释显示的簇之间的距离。由于UMAP嵌入是二维的,因此不一定能很好地捕获所有点之间的距离。我们建议不要解释UMAP嵌入...
然后,可以利用之前生成的 tSNE 和 UMAP 嵌入来可视化聚类结果。 代码语言:javascript 复制 plot1<-DimPlot(seurat,reduction="tsne",label=TRUE)plot2<-DimPlot(seurat,reduction="umap",label=TRUE)plot1+plot2 9. 为细胞簇添加注释 给细胞分组能为每个细胞分配一个识别标签,通常认为拥有相同标签的细胞在特性上是...