M1和M2型注释:M1(FCGR3A)和M2(CD163)通常很难区分,一般会表达两种状态的marker gene。文献中提供的注释方法是计算M1和M2极化和抗炎促炎分数,确定M1-like和M2-like的巨噬细胞。 单核细胞(FCN1,APOBEC3A,THBS1) 单核细胞的注释较为随意,没有明确的名字和功能,大多参考其他文献报道注释。如: M-c1-THBS1 细胞...
此外,在炎症初期,它们通过释放细胞因子和趋化因子发挥重要作用,这些细胞因子和趋化因子反过来将其他免疫细胞募集到炎症部位。 赛默飞总结好了M1和M2型巨噬细胞的marker基因,且总结了marker是分泌的,还是表面的,还是转录因子。比较全面。参考网址:巨噬细胞概述 本作者在单细胞分析中,比较喜欢用CD68/CD163来识别出巨噬细...
作者发现,M1/M2的marker基因,如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达(图2C),无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此,作者使用已报道的基因集(图2E)对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster,cluster2中同时高表达M1和M2的marker基因...
作者发现，M1/M2的marker基因，如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达（图2C），无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此，作者使用已报道的基因集（图2E）对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster，cluster2中同时高表达M1和M2的...
总结:在这项研究中,进行了scRNA-seq分析,并鉴定了5个组织驻留巨噬细胞(RTM)簇,它们具有M1-M2巨噬细胞的混合表型。综合多组学数据分析显示,RTM聚类具有炎症反应和活性氧通路升高的特征,并与T细胞的细胞毒性和CD8+ T细胞和CD8+ T细胞的浸润呈正相关,表明对ICT的敏感性。因此,RTM聚类可以作为接受ICT治疗的BC患者临床...
这里作者利用ssGSEA对巨噬细胞进行了评分(单细胞基因集评分可以看这个教程：一文搞定单细胞基因集评分)，发现AS患者的M2评分更高一些，这其实与我以往的认知有所不同，我的知识体系里一般觉得M1型巨噬细胞起到促炎作用，会在炎症发生时占比上升。与此同时，AS的成骨相关基因集评分要高于正常人。这时作者发现了一个...
另一方面，M1和M2巨噬细胞的高度聚集、APC协同抑制和APC协同刺激与较低的存活概率相关。LDFM、HDFM和MDFM的潜在调控机制 为了研究FDGs在MESO发病过程中的可能功能和分子机制，作者创建了整合的调控网络，确定了在各MESO亚型中与标志性FDGs相关的关键转录因子（TFs）、通路、免疫细胞、免疫成分和RPPA（图6A）。热图...
观察到两组的差异基因的拟时间轨迹模式基本相同。在分析M1、M2极化相关巨噬细胞marker的表达量时,发现高AQP4组的巨噬细胞倾向于向M2巨噬细胞的方向极化,而低APQ4组的巨噬细胞则没有明显的倾向。本研究也进行了蛋白互作网络分析,也发现了上述四个差异基因及M2极化相关基因。
作者发现,M1/M2的marker基因,如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达(图2C),无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此,作者使用已报道的基因集(图2E)对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster,cluster2中同时高表达M1和M2的marker基因...