作者发现，M1/M2的marker基因，如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达（图2C），无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此，作者使用已报道的基因集（图2E）对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster，cluster2中同时高表达M1和M2的ma...
作者发现,M1/M2的marker基因,如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达(图2C),无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此,作者使用已报道的基因集(图2E)对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster,cluster2中同时高表达M1和M2的marker基因...
下图是m1,m2极化的marker 先前的研究表明,肿瘤中的 TAM 在表型上与抗炎 M2 极化巨噬细胞相似 。肿瘤和正常肺组织中的巨噬细胞都没有显示出独有的 M1 或 M2 特征。相反,它们具有相似的 M1 和 M2 特征基因的表达水平。 附图里还有一个点:有一部分肿瘤来源的巨噬细胞高度表达 T 淋巴细胞趋化基因 CXCL9、CXCL...
作者发现,M1/M2的marker基因,如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达(图2C),无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此,作者使用已报道的基因集(图2E)对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster,cluster2中同时高表达M1和M2的marker基因...
因此,作者使用已报道的基因集(图2E)对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster,cluster2中同时高表达M1和M2的marker基因,但同时也获得了较高的促炎和抗炎评分。 接下来,作者主要针对cluster2髓系细胞进行研究。并发现cluster2中除了高表达促炎...
赛默飞总结好了M1和M2型巨噬细胞的marker基因,且总结了marker是分泌的,还是表面的,还是转录因子。比较全面。参考网址:巨噬细胞概述 本作者在单细胞分析中,比较喜欢用CD68/CD163来识别出巨噬细胞。个人感觉,从单细胞转录组数据区分出M1和M2型巨噬细胞,比较困难...
M1和M2型注释:M1(FCGR3A)和M2(CD163)通常很难区分,一般会表达两种状态的marker gene。文献中提供的注释方法是计算M1和M2极化和抗炎促炎分数,确定M1-like和M2-like的巨噬细胞。 单核细胞(FCN1,APOBEC3A,THBS1) 单核细胞的注释较为随意,没有明确的名字和功能,大多参考其他文献报道注释。如: ...
总结:在这项研究中,进行了scRNA-seq分析,并鉴定了5个组织驻留巨噬细胞(RTM)簇,它们具有M1-M2巨噬细胞的混合表型。综合多组学数据分析显示,RTM聚类具有炎症反应和活性氧通路升高的特征,并与T细胞的细胞毒性和CD8+ T细胞和CD8+ T细胞的浸润呈正相关,表明对ICT的敏感性。因此,RTM聚类可以作为接受ICT治疗的BC患者临床...
总结:在这项研究中,进行了scRNA-seq分析,并鉴定了5个组织驻留巨噬细胞(RTM)簇,它们具有M1-M2巨噬细胞的混合表型。综合多组学数据分析显示,RTM聚类具有炎症反应和活性氧通路升高的特征,并与T细胞的细胞毒性和CD8+ T细胞和CD8+ T细胞的浸润呈正相关,表明对ICT的敏感性。因此,RTM聚类可以作为接受ICT治疗的BC患者临床...
这里作者利用ssGSEA对巨噬细胞进行了评分(单细胞基因集评分可以看这个教程:一文搞定单细胞基因集评分),发现AS患者的M2评分更高一些,这其实与我以往的认知有所不同,我的知识体系里一般觉得M1型巨噬细胞起到促炎作用,会在炎症发生时占比上升。与此同时,AS的成骨相关基因集评分要高于正常人。