1、巨噬细胞的基因集变异分析(GSVA)显示信号通路富集于巨噬细胞簇，突出表明所有RTM簇，即RTM_1、RTM_2、RTM_3和RTM_4具有相似的特征(图2A)。值得注意的是，炎症反应和TNFα信号，如前所述的M1巨噬细胞的两个重要标志，在每个RTM簇中都得到了富集(图2A)。2、同时，观察到干扰素反应、Notch通路和
值得注意的是,炎症反应和TNFα信号,如前所述的M1巨噬细胞的两个重要标志,在每个RTM簇中都得到了富集(图2A)。 2、同时,观察到干扰素反应、Notch通路和TGFB信号,这三个重要的特征M2-like巨噬细胞,如前所述,在每个RTM簇中都被富集(图2A)。 3、此外,发现每个RTM聚类都高表达免疫检查点基因(图2B)。这一结果表明...
图1E显示了细胞类型标记基因的表达情况，，图1D显示了三种样本中七种细胞类型的平均数量和细胞比例，其中上皮细胞数量最多，其次是NK/T细胞。在对15个seurat簇的差异表达分析中，图1F展示了各群细胞的marker基因。随后，为了弄清成纤维细胞与其他细胞之间的关系和相互作用，作者建立了七种细胞类型之间的细胞通讯网络和...
另一方面,M1和M2巨噬细胞的高度聚集、APC协同抑制和APC协同刺激与较低的存活概率相关。 LDFM、HDFM和MDFM的潜在调控机制 为了研究FDGs在MESO发病过程中的可能功能和分子机制,作者创建了整合的调控网络,确定了在各MESO亚型中与标志性FDGs相关的关键转录因子(TFs)、通路、免疫细胞、免疫成分和RPPA(图6A)。热图用于...
六、VARS1与免疫浸润和诱导的M2巨噬细胞极化呈负相关 1、KEGG通路显示,在VARS1低表达的患者中,免疫相关通路如T细胞受体通路富集,而在VARS1高表达的患者中,肿瘤生长通路如细胞周期通路和mTOR通路富集(图8 A)。 2、VARS1表达与肿瘤内M2巨噬细胞浸润呈正相关,与M1巨噬细胞浸润和CD8T细胞浸润呈负相关(图8B-C)。
这里作者利用ssGSEA对巨噬细胞进行了评分(单细胞基因集评分可以看这个教程：一文搞定单细胞基因集评分)，发现AS患者的M2评分更高一些，这其实与我以往的认知有所不同，我的知识体系里一般觉得M1型巨噬细胞起到促炎作用，会在炎症发生时占比上升。与此同时，AS的成骨相关基因集评分要高于正常人。这时作者发现了一个...
作者发现，M1/M2的marker基因，如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达（图2C），无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此，作者使用已报道的基因集（图2E）对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster，cluster2中同时高表达M1和M2的...
巨噬细胞作为重要的免疫细胞，在MAT中与其他细胞类型的相互作用最多(图7E)。在CrF中，IL-1β与巨噬细胞上的经典受体IL-1β r联合在成纤维细胞中高表达，可将M2巨噬细胞转化为m1炎性表型，加剧疾病发展(图7G)。CrF中的成纤维细胞和LECs都产生了与巨噬细胞上的受体LRP1结合的MDK(图7G, H)。MDK-LRP1轴在...
作者发现,M1/M2的marker基因,如MRC1和CD163在几乎所有的髓系cluster中都有表达(图2C),无法明确区分M1型和M2型巨噬细胞。因此,作者使用已报道的基因集(图2E)对所有髓系cluster进行M1和M2极化、促炎和抗炎以及增殖评分。发现并没有严格类似于典型M1/M2极化巨噬细胞的cluster,cluster2中同时高表达M1和M2的marker...