染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要手段之一,它广泛用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互相作用研究。ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品,已用多篇项目文章证明实力。 组织水平的ChIP-seq技术需要使用超声/酶切打断交联的基因组片段,然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段,...
该研究介绍了单细胞ChIP-seq工作流程和细胞分类的准确性,以及识别了乳腺癌染色质状态的异质性。 1 研究背景 对化疗和靶向治疗产生耐药性是癌症治疗的重大挑战。深度测序和单细胞方法表明未经治疗的肿瘤内的遗传异质性是肿瘤耐药性的关键因素。但尚未发现驱动耐药性的遗传机制。该研究开发了scChIP-seq方法,可进行复杂...
近年来随着测序技术的发展,染色质免疫共沉淀测序技术(ChIP-seq)已经成为研究蛋白质-DNA相互作用的“金标准”。然而,传统的ChIP-seq技术具有很多局限性,包括需要大量的起始细胞、重复性较差、信噪比低、成本高等问题。2015年,首个单细胞...
单细胞ChIP-seq技术可以从单细胞层面上让我们解析,为何不同细胞中基因的表达会出现差异,产生差异的上游调控机制是如何形成的等表观遗传学难题。自2015年首次被提出以来,得到快速发展,钟鼎生物引入商业化的平台,能够在6min内产生成千上万个单细胞的液滴,是一套全新的单细胞ChIP-seq解决方案。 技术原理 1.添加一抗...
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是研究表观遗传调控的重要手段之一,它广泛用于全基因组组蛋白修饰、转录因子和其他蛋白-DNA互相作用研究。ChIP-seq作为爱基百客的王牌产品,已用多篇项目文章证明实力。 组织水平的ChIP-seq技术需要使用超声/酶切打断交联的基因组片段,然后用特异性抗体富集含有目的蛋白结合的基因组片段,...
通过对ENCODE中所有可利用的ChIP-seq数据、转录因子结构域和复制期发生变化的染色质区域计算分析,Buenrostro等发现处于不同复制期的结构域染色质可接近性的变异性增加,这与我们对增殖细胞的预期是相同的。同时,Buenrostro等还发现与不同的转录因子可以通过协同或者竞争性结合的作用促进或者抑制染色质可接近性中位点...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程!
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。 总结: 该方法是一篇关于单细胞ChIP实验的文章,讲述了从原位ChIP,及其衍生出的单细胞ChIP技...
随后,作者通过ChIP-seq实验验证了MEOX2与目标基因的相互作用。最后,为了验证预测的基因调控动力学,作者重新分析了SHOX2基因敲除小鼠前腭组织已发表的RNA-seq数据。发现受SHOX2正调控的基因在SHOX2敲除后表达降低,预测为负调控的基因在SHOX2敲除后表达增加(图6D)。这些结果表明SHOX2和MEOX2分别是驱动前次级腭和后...
简而言之,CoBATCH技术是第一个具有普适性、高质量、高通量的单细胞ChIP-seq方法,该技术将在单细胞水平上为解析细胞命运决定和功能异质性的表观遗传调控机制提供强有力的支持,并对研究器官发育和疾病发生过程具有重大的意义。北京大学分子医学研究所博士生王千昊、艾珊珊、刘雅茜和北京大学-清华大学生命科学联合中心博士...