首先,通过单细胞转录组测序数据分析,我们可以识别和鉴定出不同的细胞亚群;从TCR/BCR测序数据中,我们可以鉴定出不同的克隆型信息。 2)免疫细胞亚型鉴定 接着,我们可以对免疫细胞进行再分群分析,鉴定不同的免疫细胞亚型,然后根据确定亚型的T/B细胞数据与TCR/BCR数据进行合并分析,获取每一个T/B细胞的克隆型多样性和...
T淋巴细胞(T cells)是负责适应性免疫应答的主要细胞,其抗原识别功能主要依赖于T细胞受体(T cell receptor, TCR),TCR是由两条不同的肽链构成的异二聚体,主要是α链和β链。TCR由基因组DNA上几个不同区域转录翻译而来,其中的V区,D区,J区会发生重排产生不同的受体链,也就是产生多样性的T细细胞受体,以应对不...
单细胞联合TCR测序分析流程。 一、什么是单细胞联合TCR测序。 咱得先搞清楚这是个啥玩意儿。单细胞测序呢,就像是给每个细胞都来一次超级详细的“个人专访”,能知道每个细胞里的基因表达情况啦,细胞状态之类的。那TCR测序呢,这是专门针对T细胞受体(TCR)的测序哦。T细胞可是咱免疫系统里的超级英雄,TCR就像是它们的武器...
另一例患者的外周血中发现了溶细胞性外周CD4+T细胞,这些细胞特异性识别免疫肽IM07并分泌多种细胞因子。通过单细胞TCR测序,识别出了这些CD4+T细胞含有多种克隆型,其中2个克隆型仅在NEO-PV-01治疗后的肿瘤活检样本中被发现。通过T细胞克隆型的分析比对,发现外周血中的新抗原特异性CD4+和CD8+T细胞可以迁徙到肿瘤中去...
TCR分析从前沿技术到高通量测序技术 利用流式细胞术和针对TCRBV亚群的单克隆抗体的组合,在蛋白质水平上进行了开拓性实验,以解剖T细胞库。这种方法是定性和定量的,但受限于特定单克隆抗体的可用性,没有提供任何关于CDR3多样性的信息。第一个基于基因组的方法是基于对群体中CDR3序列长度分布的分析。这种技术被称为免疫...
Treg-CTLA4和Th1-like的TCR在原发灶和转移灶之间显著共有(图4E-4F),但前者的迁移指数在原发灶和转移灶之间高于肿瘤和非肿瘤之间(图4H)。RNA速率分析也证明Treg-CTLA4是由富集于血液中的Treg-FOXP3分化而来,意味着血液中的Tregs可能迁移到原...
通过分析 T 细胞的 TCR 序列,发现不同病人的 TCR 克隆型构成差异较大。一些大的克隆中细胞类型也不同,主要表现为丧失功能的 CD8 T 细胞的富集和初始 T 细胞的缺失。患者中丧失功能的 CD8 T 细胞的比例与 T 细胞的扩增程度呈现正相关。通过计算每个细胞的增殖分数,发现丧失功能的 CD8 T 细胞有高增殖细胞比例...
单细胞TCR分析 T细胞是集体免疫系统中抗肿瘤免疫的主要组成部分,大多数FDA批准的癌症免疫治疗都是聚焦与T细胞。TCR(TCR, T Cell Receptor)就像是T细胞的“眼睛”和“耳朵”,T细胞受体一般由alpha链和beta链组成,T细胞识别MHC抗原肽就是通过TCR来实现的,与抗原呈递细胞形成TCR-抗原肽-MHC的结构。由于人体内非己物质的...
3. TCR分析及拟时序分析子集映射 已知由同一细胞分化而来的T细胞具有相同的TCRs, 作者分析每个样本的TCR数据发现,虽然大多数细胞含有独特的TCR,但在不同细胞类型中观察到不同程度的重复使用模式,尤其在肿瘤浸润CD8+ T细胞和Treg中,表明两种细胞存在共同的祖先细胞起源。且肿瘤组织CD8+ T细胞和Treg细胞中TCR 克隆的数量...