在此,我们将回顾单细胞多组学的基本原理,并介绍一些可以促进数据整合的计算工具。 单细胞多组学 10x Genomics公司的单细胞应用产品营销经理Angela Churchill博士指出:“单细胞多组学是在单细胞水平上评估多个细胞特征。”她解释说,这种方法提供了深入的生物学视角,有助于更详细地了解细胞类型和状态,并提出曾经无法触及的...
使用不同策略整合sc-RNAseq数据与ST数据,考虑到每个空间位点可能包含多种细胞类型,作者基于降维后维度计算概率得分以代替每个位点的细胞组成比例,计算这种细胞组成比例与sc-RNAseq真实值之间相关性,发现bindSC具有最高的相关性(图5c,R = 0.9)。 图5 (五)转录组+蛋白质组整合蛋白质组学数据:作者使用人类骨髓细胞的...
该团队分析了百万量级单细胞多组学数据,系统评估了14种单细胞模态预测算法和18种单细胞多组学整合算法的性能。相关研究成果以Benchmarking algorithms for single-cell multi-omics prediction and integration为题,在线发表在《自然-方法》(Nature Methods)上。 单细胞多组学技术的发展,为探索细胞功能和复杂的基因调控机制...
它们是可能参与调节白细胞介素家族信号通路和巨噬细胞刺激相关通路。 文章小结 我们的大型多组学研究整合了全基因组关联研究(GWAS)和基于汇总数据的孟德尔随机化(SMR),以探索IAs的潜在治疗靶点并提供支持IIRGs和IAs之间因果关系的遗传证据。然...
然而目前,尚缺乏一个综合性的、整合衰老生物学多组学数据的数据资源库。中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)研究员鲍一明研究组、研究员张维绮研究组和中科院动物研究所研究员刘光慧研究组、研究员曲静研究组,合作建立Aging Atlas数据库。该数据库从常规转录组、单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组及药物基因...
Cell Ranger采用一组免费且易用的分析流程来分析Chromium单细胞数据。它能够处理原始数据、开展比对,对基因进行计数。Cell Ranger还可以与云分析平台整合,对数据进行监控、管理和处理。 此外,研究人员还可以使用Loupe Browser,这是一款可视化软件,有助于解释单细胞多组学数据集。“这款软件的使用不需要任何生物信息学专业...
题目:颅内动脉瘤免疫炎症靶点的鉴定:一项整合了基于摘要数据的孟德尔随机化、单细胞类型表达分析和DNA甲基化调控的多组学和表观基因组研究 杂志:International Journal of Surgery 影响因子:12.5 发表时间:2024年7月25日 扫码查看原文 研究背景 免疫系统功能障碍和炎症在颅内动脉瘤(IAs)的发展中起着至关重要的作用。然...